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science in Japan（日本科學的奠基人們）」文章。此後，又先後於2000年、2008年和2016年在《基因》（Gene）雜誌以第一作者身份發表論文。 明仁天皇還作為作者之一編纂了《日本產魚類檢索》圖鑑，他負責2500頁中350頁的蝦虎魚部分，這部分介紹了日本蝦虎魚的518個種類，其中五百多幅插圖的相當一部分是明仁天皇親自手繪。

1471年，一休78歲，遇到盲女藝人森，與之相愛，之後一直照顧她。 1474年，一休81歲時，受后土御門天皇的詔令，任大德寺第四十七代住持，以修繕因應仁之亂而荒廢的寺院。他晚年住在今天京都府京田邊市的酬恩庵（俗稱「一休寺」）。 1481年12月12日（文明十三年11月21日）卯時，一休因高燒不退而圓寂，享年88歲。而日本此時已經進入了地方豪強混戰的戰國時代。