李祁得中榜眼後，授應奉翰林文字。時農民起義爆發，元朝統治岌岌可危。李祁母老就養江南，李祁改任婺源州同知。累遷-儒學副提舉。以後，由於母親去世，回鄉服喪，李祁歸隱江西永新，後又躲避亂世，藏入雲陽山中。李祁崇尚名節，平日與人談話，言語從不偏離君、臣之禮義。當元朝復亡之際，李祁在家鄉聽到元軍潰敗，常十分憂憤，以至於食不下咽。每談及國家事，常常痛哭流涕。李祁的同科進士余闕，為右榜第二名，後來在抗擊明軍中戰