朱懷球檢視原始碼討論檢視歷史
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朱懷球，男，北京大學元培學院教授。
研究方向
生物信息學與系統生物學
生物醫學大數據
微生物基因組學
基因組醫學
教育經歷
2000年 北京大學 流體力學專業，湍流與計算流體力學方向，博士
1997年 北京大學 流體力學，爆炸力學與流體力學方向，碩士
1992年 華中科技大學 工程力學 學士
獲獎情況
2018年 北京大學教學優秀獎
2017年 北京大學首屆教學優秀獎（研究生部分）
2011年 全國優秀博士論文提名獎（指導導師）
2011年 北京大學優秀博士論文二等獎（指導導師）
2010年 北京市優秀博士論文獎（指導導師）
2007年 中國生物醫學工程聯合學術年會青年優秀論文獎
2006-2010年 先後獲北京大學寶潔獎教金獎、北京大學埃克森-美孚獎教金、北京大學方正優秀獎教金獎
學術成果
論文及專著
- Fang ZC, Tan J, Wu SF, Li M, Xu CM, Xie ZJ, Zhu HQ*. PPR-Meta: a tool for identifying phages and plasmids from metagenomic fragments using deep learning. GigaScience, 2019, DOI: 10.1093/gigascience/giz066
- Jiang XQ, Li X, Yang LS, Liu CH, Wang Q, Chi WL, Zhu HQ*. How Microbes Shape Their Communities? A Microbial Community Model Based on Functional Genes. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2019, 17(1): 91-105.
- Yang C, Yang LS, Zhou M, Xie HL, Zhang CJ, Wang MD, Zhu HQ*, LncADeep: An ab initio lncRNA identification and functional annotation tool based on deep learning. Bioinformatics, 2018, 34(22): 3825-3834.
- Zhai P, Yang LS, Guo X, Wang Z, Guo JT, Wang XQ, Zhu HQ*. MetaComp: comprehensive analysis software for comparative meta-omics including comparative metagenomics. BMC Bioinformatics, 2017, 18: 434.
- Liu YX, Zhang L, Wang XQ, Wang Z, Zhang JJ, Jiang RH, Wang XQ, Wang K, Liu ZJ, Xia ZW, Xu ZJ, Nie Y, Lv XL, Wu XL, Zhu HQ*, Duan LP*. Similar fecal microbiota signatures in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome and patients with depression. Clin. Gastroenterol. H., 2016, 14(11): 1602-1611.
- He FF, Li Y, Tang YH, Ma J*, Zhu HQ*. Identifying micro-inversions using high-throughput sequencing reads. BMC Genomics, 2016, 17(Suppl 1): 4.
- Lai BB, Wang FM, Wang XQ, Duan LP, Zhu HQ*. InteMAP: Integrated Metagenomic Assembly Pipeline for NGS Short Reads. BMC Bioinformatics, 2015, 16: 244.
- Guo JT, Wang Q, Wang XQ, Wang FM, Yao JX, Zhu HQ*. Horizontal gene transfer in an acid mine drainage microbial community. BMC Genomics, 2015, 16: 496.
- Wang XQ, Wang Q, Guo X, Liu LY, Guo JT, Yao JX, Zhu HQ*. Functional genomic analysis of Hawaii marine metagenomes. Sci. Bull., 2015, 60(3): 348-355
- Liu YC, Guo JT, Hu GQ, Zhu HQ*. Gene prediction in metagenomic fragments based on the SVM algorithm. BMC Bioinformatics, 2013, 14(S5): S12.
- Lai BB, Ding RG, Li Y, Duan LP, Zhu HQ*. A de novo metagenomic assembly program for shotgun DNA reads. Bioinformatics, 2012, 28(11): 1455-1462.
- Zheng XB, Hu GQ, She ZS, ZhuHQ*. Leaderless genes in bacteria: clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes. BMC Genomics, 2011, 12: 361.
- Luo CW, Hu GQ, Zhu HQ*, Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence, BMC Genomics, 2009, 10: 552.
- Hu GQ, Guo JT, Liu YC, Zhu HQ*. MetaTISA: Metagenomic translation initiation site annotator for improving gene start prediction. Bioinformatics, 2009, 25(14): 1843-1845.
- Hu GQ, Zheng XB, Yang YF, Ortet P, She ZS, Zhu HQ*. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 2008, 36: D114-119.
- Zhu HQ, Hu GQ, Yang YF, Wang J, She ZS. MED: a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes. BMC Bioinformatics, 2007, 8: 97.
- Zhu HQ, Hu GQ, Ouyang ZQ, Wang J, She ZS. Accuracy improvement for identifying translation initiation sites in microbial genomes. Bioinformatics, 2004, 20(18): 3308-3317.
承擔項目
1. 主持國家重點研發計劃重點專項《重要疫源微生物組學研究》課題「微生物多組學生物信息新算法研究與平台構建（No. 2017YFC1200205）」（2017~2020）
2. 主持國家自然科學基金項目「微生物群落環境適應性的宏基因組學研究（No. 31671366）」（2017~2020）
3. 主持北京大學「建設世界一流大學（學科）和特色發展引導專項」臨床醫學+X項目「基於腸道微生物組學的多組學精準醫學聯合平台」（2017~2018）
4. 主持國家自然科學基金重大研究計劃「極端微生物宏基因組微進化的計算生物學研究（No. 91231119）」（2013～2015）
5. 主持國家自然科學基金重點項目「神經影像的時間信息提取及其在中樞藥物療效檢測中的應用（No. 61131003）」（2012～2016）
6. 負責國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）子課題「視覺假體的信息處理及編碼理論研究（No. 2011CB707503）」（2011～2016）
社會兼職
中國醫藥生物技術協會生物醫學信息技術分會常務委員；中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專業委員會委員；北京生物信息學研究會理事會秘書長；北京生物醫學工程學會常務理事；《Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology》副主編；《北京生物醫學工程》編委。[1]