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湖北省水稻研究中心中心实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，主要围绕湖北省优质水稻育种和栽培技术等难题开展研究与开发工作。目前的主要研究方向和研究内容包括。

水稻杂种优势利用研究

重点培育适合湖北省和长江中、下游稻区种植的优质高产多抗杂交早、中、晚稻新品种。

水稻分子育种技术研究

建立高通量的分子育种技术平台，运用分子标记辅助选择技术和转基因技术培育优质高产多抗的水稻新品种。

水稻种质资源创新

通过建立重叠导入系和导入野生稻基因，创建新的水稻种质资源。

水稻高产生理研究

以现代生物技术研究水稻

水稻生态：

以传统的生态生理技术为基础，结合现代分子生物学技术、现代育种学技术、蛋白质组学技术及生物信息学分析方法研究和解决水稻生产实践中的生理生态问题。

建设以来取得的成绩

中心在筹建的同时，积极开展科学研究，2002年以来，已取得的主要研究成果有，育成并通过审定的杂交水稻组合2个，常规品种1个，不育系2个，专利授权1项，申请专利1项，申请品种保护1项。