李祁得中榜眼后，授应奉翰林文字。时农民起义爆发，元朝统治岌岌可危。李祁母老就养江南，李祁改任婺源州同知。累迁-儒学副提举。以后，由于母亲去世，回乡服丧，李祁归隐江西永新，后又躲避乱世，藏入云阳山中。李祁崇尚名节，平日与人谈话，言语从不偏离君、臣之礼义。当元朝复亡之际，李祁在家乡听到元军溃败，常十分忧愤，以至于食不下咽。每谈及国家事，常常痛哭流涕。李祁的同科进士余阙，为右榜第二名，后来在抗击明军中战