朱怀球查看源代码讨论查看历史
|
朱怀球，男，北京大学元培学院教授。
研究方向
生物信息学与系统生物学
生物医学大数据
微生物基因组学
基因组医学
教育经历
2000年 北京大学 流体力学专业，湍流与计算流体力学方向，博士
1997年 北京大学 流体力学，爆炸力学与流体力学方向，硕士
1992年 华中科技大学 工程力学 学士
获奖情况
2018年 北京大学教学优秀奖
2017年 北京大学首届教学优秀奖（研究生部分）
2011年 全国优秀博士论文提名奖（指导导师）
2011年 北京大学优秀博士论文二等奖（指导导师）
2010年 北京市优秀博士论文奖（指导导师）
2007年 中国生物医学工程联合学术年会青年优秀论文奖
2006-2010年 先后获北京大学宝洁奖教金奖、北京大学埃克森-美孚奖教金、北京大学方正优秀奖教金奖
学术成果
论文及专著
- Fang ZC, Tan J, Wu SF, Li M, Xu CM, Xie ZJ, Zhu HQ*. PPR-Meta: a tool for identifying phages and plasmids from metagenomic fragments using deep learning. GigaScience, 2019, DOI: 10.1093/gigascience/giz066
- Jiang XQ, Li X, Yang LS, Liu CH, Wang Q, Chi WL, Zhu HQ*. How Microbes Shape Their Communities? A Microbial Community Model Based on Functional Genes. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2019, 17(1): 91-105.
- Yang C, Yang LS, Zhou M, Xie HL, Zhang CJ, Wang MD, Zhu HQ*, LncADeep: An ab initio lncRNA identification and functional annotation tool based on deep learning. Bioinformatics, 2018, 34(22): 3825-3834.
- Zhai P, Yang LS, Guo X, Wang Z, Guo JT, Wang XQ, Zhu HQ*. MetaComp: comprehensive analysis software for comparative meta-omics including comparative metagenomics. BMC Bioinformatics, 2017, 18: 434.
- Liu YX, Zhang L, Wang XQ, Wang Z, Zhang JJ, Jiang RH, Wang XQ, Wang K, Liu ZJ, Xia ZW, Xu ZJ, Nie Y, Lv XL, Wu XL, Zhu HQ*, Duan LP*. Similar fecal microbiota signatures in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome and patients with depression. Clin. Gastroenterol. H., 2016, 14(11): 1602-1611.
- He FF, Li Y, Tang YH, Ma J*, Zhu HQ*. Identifying micro-inversions using high-throughput sequencing reads. BMC Genomics, 2016, 17(Suppl 1): 4.
- Lai BB, Wang FM, Wang XQ, Duan LP, Zhu HQ*. InteMAP: Integrated Metagenomic Assembly Pipeline for NGS Short Reads. BMC Bioinformatics, 2015, 16: 244.
- Guo JT, Wang Q, Wang XQ, Wang FM, Yao JX, Zhu HQ*. Horizontal gene transfer in an acid mine drainage microbial community. BMC Genomics, 2015, 16: 496.
- Wang XQ, Wang Q, Guo X, Liu LY, Guo JT, Yao JX, Zhu HQ*. Functional genomic analysis of Hawaii marine metagenomes. Sci. Bull., 2015, 60(3): 348-355
- Liu YC, Guo JT, Hu GQ, Zhu HQ*. Gene prediction in metagenomic fragments based on the SVM algorithm. BMC Bioinformatics, 2013, 14(S5): S12.
- Lai BB, Ding RG, Li Y, Duan LP, Zhu HQ*. A de novo metagenomic assembly program for shotgun DNA reads. Bioinformatics, 2012, 28(11): 1455-1462.
- Zheng XB, Hu GQ, She ZS, ZhuHQ*. Leaderless genes in bacteria: clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes. BMC Genomics, 2011, 12: 361.
- Luo CW, Hu GQ, Zhu HQ*, Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence, BMC Genomics, 2009, 10: 552.
- Hu GQ, Guo JT, Liu YC, Zhu HQ*. MetaTISA: Metagenomic translation initiation site annotator for improving gene start prediction. Bioinformatics, 2009, 25(14): 1843-1845.
- Hu GQ, Zheng XB, Yang YF, Ortet P, She ZS, Zhu HQ*. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 2008, 36: D114-119.
- Zhu HQ, Hu GQ, Yang YF, Wang J, She ZS. MED: a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes. BMC Bioinformatics, 2007, 8: 97.
- Zhu HQ, Hu GQ, Ouyang ZQ, Wang J, She ZS. Accuracy improvement for identifying translation initiation sites in microbial genomes. Bioinformatics, 2004, 20(18): 3308-3317.
承担项目
1. 主持国家重点研发计划重点专项《重要疫源微生物组学研究》课题“微生物多组学生物信息新算法研究与平台构建（No. 2017YFC1200205）”（2017~2020）
2. 主持国家自然科学基金项目“微生物群落环境适应性的宏基因组学研究（No. 31671366）”（2017~2020）
3. 主持北京大学“建设世界一流大学（学科）和特色发展引导专项”临床医学+X项目“基于肠道微生物组学的多组学精准医学联合平台”（2017~2018）
4. 主持国家自然科学基金重大研究计划“极端微生物宏基因组微进化的计算生物学研究（No. 91231119）”（2013～2015）
5. 主持国家自然科学基金重点项目“神经影像的时间信息提取及其在中枢药物疗效检测中的应用（No. 61131003）”（2012～2016）
6. 负责国家重点基础研究发展计划（973计划）子课题“视觉假体的信息处理及编码理论研究（No. 2011CB707503）”（2011～2016）
社会兼职
中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员；中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员；北京生物信息学研究会理事会秘书长；北京生物医学工程学会常务理事；《Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology》副主编；《北京生物医学工程》编委。[1]