孙全谋为中国清朝武官官员，本籍福建。孙全谋于1788年（乾隆53年）奉旨接替卓威光，于台湾地区担任台湾水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职是台湾清治时期的这阶段，全台湾的海防军事层级最高武将，其统帅三标水营，数千名水师兵勇。