1885年,美南長老會向日本高知縣派出了2名傳教士。1888年,美南長老會在名古屋設立了金城女學校。
1901年,植村正久在美北長老會的明治學院講授自由主義神學、進化論。1907年,神戸神學院成立。校長塞繆爾·富爾頓。教師多為普林斯頓神學院畢業的美南長老會傳教士。
1927年,神戸神學院與大阪神學院合併成立中央神學院,校長塞繆爾·富爾頓。中央神學院明確主張聖經無謬誤。中央神學院一直拒絕進行宮城遙拜、參拜神社這樣的偶像崇拜活動,因此在1942年3月被關閉。
中央神學院的畢業生岡田稔、戰後的日本基督教改革派教會參與了神戶改革宗神學院的建立。