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皮質層，毛髮的中間部位，它含有皮質纖維、凝膠、間充物質、空隙等，是頭髮的主要組成部分，由它決定毛髮的形狀、粗細和彈性，也是燙髮、染髮等化學作用發生的部位。
皮質層占頭髮的80%，它決定着頭髮的水分。（頭髮的乾枯狀態下含有不足10%的水分，濕潤的頭髮約含有超過30 %的水分）由5種元素結合成氨基酸。氨基酸構成基本螺旋卷：每9個螺旋形成一束原始纖維，互相扭轉，聯接而形成皮質層纖維，而皮質內纖維與纖維之間的橫向聯結便是鍵結，4種鍵結便是：硫化鍵、氫鍵、鹽鍵、氨基鍵、（肽鍵），從而給予其彈性、張力和韌性。
網狀的間充物質有：四大鏈鍵、麥拉寧粒子、水份、天然的保濕菌子、蛋白質氨基酸、微量元素等。
皮質層：相當於毛髮的中間部位，它含有，皮質纖維、凝膠、間充物質、空隙等，是頭髮的主要組成部分。皮質層占頭髮的80%。它決定着頭髮的水分。[1]
毛干從外到內可分為三層
① 最外層的是表皮層，也叫毛小皮，是毛乾的保護層，主要是抵禦外界的物理、化學因素對頭髮的毛髮的輕微損傷。它由6~10層長行鱗片狀角質細胞重疊排列而成，游離緣指向發梢，不同的發質其形狀、結實程度與拉力也各不相同。這種鱗狀物質越接近頭皮的部分越光滑，相反，越遠離頭皮的部分越粗糙，越不規則，且受到外界不同程度的各種刺激後，邊緣可輕度翹起或破裂。
② 中間一層是頭髮的最主要的部分，稱為皮質層，是由成束角蛋白鏈沿着毛乾的長軸分布。它決定了頭髮的彈性、強度和韌性。該層約占整個發莖的一半不到。在該層中還含有許多黑素顆粒。
③ 最內一層是頭髮的中心部分，稱為髓質層，稱皮質層的細胞所圍繞，其間充滿空氣間隙，有一定的阻止外界過熱的作用。
類似於一根狹長的管道，它深入到真皮之中，有時可深至皮下組織。一根長長的毛囊，其結構十分複雜，為了研究的方便，將它的不同部分給予不同的命名。引起毛髮收縮的立毛肌附着於毛囊，其附着點下部稱為毛囊下部，其上剛稱毛囊上部。毛囊下部膨出的部門叫毛球，是頭髮的發端。毛球的最底部有一凹陷稱為毛乳頭，它是一團伸入毛球內的結締組織，含有血管和神經。毛乳頭與結締組織鞘為頭髮的生長提供營養物質和氧氣。如果毛乳頭被破壞或退化，頭髮就停止生長，並逐漸脫落。在毛囊上部，還有一個皮脂腺的開口，這一開口處又將毛囊上部分為上下漏斗部和峽部。皮脂腺分泌的油脂由毛孔排出，滋潤着頭髮，並且可以根據其分泌的多少來決定頭髮的屬性，如中性、油性和乾性。[2]