1990年[[賽義德·穆罕默德·喬哈爾]](Said Mohamed Djohar)當選總統。1995年德納爾再次發動政變企圖推翻喬哈爾政權，但由於法國軍隊介入政變未遂。
1996年[[穆罕默德·阿卜杜勒·卡里姆·塔基]](Mohamed Abdulkarim Taki)當選總統，制憲並擴大總統的權力並將法律改為以伊斯蘭教法為基礎，但遭到強力的反對。<ref name="worldtravelguide">{{cite web| url=https://www.worldtravelguide.net/guides/africa/comoros/history-language-culture/|title=History, language & culture| publisher=world travel guide| language = EN |accessdate=2019-12-27}}</ref><ref name="bbc1">{{cite news| url=https://www.bbc.com/news/world-africa-13229685|title=Comoros country profile|date=2018-07-20 |publisher=BBC| language = EN |accessdate=2019-12-27}}</ref><ref name="bbc2">{{cite news| url=https://www.bbc.com/news/world-africa-13231758|title=Comoros profile|date=2018-07-20 |publisher=BBC| language = EN |accessdate=2020-01-08}}</ref>
=== 分裂危機 ===1997 年Anjouan和Moheli群 年莫愛利島、昂儒昂 島宣布脫離葛摩獨立 ，大葛摩島的軍隊試圖登陸昂儒昂島，但遭到封鎖，衝突情勢持續至2001年。 1998年塔基總統去世，由[[塔傑丁·本·賽義德·馬松德]](Tadjidine Ben Said Massounde)暫代總統，但於1999年遭到[[阿扎利·阿蘇馬尼]](Azali Assoumani)發動軍事政變推翻，這是第18次政變活動。軍政府制訂新的憲法，以賦予各島更大的自治權，新憲法於2001年通過，總統一職由三島輪流擔任，此時衝突情勢雖有緩和但仍十分緊張。 2006年[[艾哈邁德·阿卜杜拉·穆罕默德·桑比]](Ahmed Abdallah Mohamed Sambi)贏得選舉，政權首次和平移轉。 2007年昂儒昂島總統[[穆罕默德·巴卡爾]](Mohamed Bacar)任期屆滿並拒絕下台，[[非洲聯盟]]派遣軍隊幫助維持該島總統改選的和平，但巴卡爾無視聯邦政府和非洲聯盟，就任昂儒昂島總統。非洲聯盟凍結巴卡爾之資產並應求重新選舉，並封鎖昂儒昂島。2008年葛摩和非洲聯盟部隊奪回昂儒昂島。並拘留巴卡爾。 2009年馬約特島通過與法國合併的公投，但葛摩政府稱投票無效。 2009年桑比提出延長總統任期至5年的修憲案，但大葛摩島及莫愛利島這是眷戀權力之舉，經國際協調後葛摩朝野達成延長總統任期6個月之協議，2010年底舉行總統大選。縱使國際間對選舉過程表示充滿疑義，但仍承認由[[伊基利盧·杜瓦尼納]](Ikililou Dhoinine)當選，2011年就職 。 2016年總統大選由前總統阿蘇馬尼再次當選。2018年的修憲公投將總統由各島輪流執政，改為允許現任總統連任一次，並取消副總統，但此次公投遭到反對派質疑合法性。 2019年阿蘇馬尼連任總統。<ref name="worldtravelguide">{{cite web| url=https://www.worldtravelguide.net/guides/africa/comoros/history-language-culture/|title=History, language & culture| publisher=world travel guide| language = EN |accessdate=2019-12-27}}</ref><ref name="bbc1">{{cite news| url=https://www.bbc.com/news/world-africa-13229685|title=Comoros country profile|date=2018-07-20 |publisher=BBC| language = EN |accessdate=2019-12-27}}</ref><ref name="bbc2">{{cite news| url=https://www.bbc.com/news/world-africa-13231758|title=Comoros profile|date=2018-07-20 |publisher=BBC| language = EN |accessdate=2020-01-08}}</ref><ref>{{cite news| url=https://www.aljazeera.com/news/2018/07/controversial-vote-presidential-powers-passes-comoros-180731151417057.html|title=Controversial vote on presidential powers passes in Comoros|date=2018-08-01 |publisher=al jazeera| language = EN |accessdate=2019-12-27}}</ref>
== 經濟 ==