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71、 [[ 后三条天皇 ]] （ごさんじょう）1068年4月19日—1072年12月8日 在位4年

72、 [[ 白河天皇 ]] （しらかわ）1072年12月8日—1086年11月26日 在位14年（遗谥，追号根据其让位后的住所。）

73、 [[ 堀河天皇 ]] （ほりかわ）1086年11月26日—1107年7月19日 在位21年（追号根据其在位期间皇居的宫名。）

74、 [[ 鸟羽天皇 ]] （とば）1107年7月19日—1123年1月28日 在位16年（追号根据其让位后的住所。）

75、 [[ 崇德天皇 ]] （すとく）1123年1月28日—1141年12月7日 在位18年（保元之乱、大怨灵，有“赞岐院”之称。）

76、 [[ 近卫天皇 ]] （このえ）1141年12月7日—1155年7月23日 在位14年（追号根据其在位期间皇居的宫名。）

78、 [[ 二条天皇 ]] （にじょう）1158年8月11日—1165年6月25日在位7年（平治之乱，源义朝被杀，其子赖朝被流放，平氏专权。追号根据其在位期间皇居的宫名。）

79、 [[ 六条天皇 ]] （ろくじょう）1165年6月25日—1168年2月19日 在位3年（追号根据其让位后的住所。）

80、 [[ 高仓天皇 ]] （たかくら）1168年2月19日—1180年2月21日 在位12年（追号根据其让位后的住所。）

81、 [[ 安德天皇 ]] （あんとく）1180年2月21日—1185年3月24日 在位5年（平氏一族灭亡。1183年至1185年与后鸟羽天皇并立。）

83、 [[ 土御门天皇 ]] （つちみかど）1198年1月11日—1210年11月25日 在位12年（又称“阿波院”、“土佐院”。追号根据其在位时的皇居的宫名。）

84、 [[ 顺德天皇 ]] （じゅんとく）1210年11月25日—1221年4月20日 在位11年（又称“佐渡院”，在位期间发生承久之乱，朝廷倒幕军战败，自此被幕府所控制，后鸟羽天皇、土御门天皇、顺德天皇被流放。）

85、 [[ 仲恭天皇 ]] （ちゅうきょう）1221年4月20日—1221年7月9日 在位3月（承久之乱发生后被废黜，仅在位77日，因此有“九条废帝”之称。谥号为明治3年追赠。）

90、 [[ 龟山天皇 ]] （かめやま）1259年11月26日—1274年1月26日 在位15年（遗谥，根据其让位后的住所。）

91、 [[ 后宇多天皇 ]] （ごうだ）1274年1月26日—1287年10月21日 在位13年（遗谥。）

92、 [[ 伏见天皇 ]] （ふしみ）1287年10月21日—1298年7月22日 在位11年（追号根据其让位后的住所。）

93、 [[ 后伏见天皇 ]] （ごふしみ）1298年7月22日—1301年1月22日 在位3年（遗谥。）

95、 [[ 花园天皇 ]] （はなぞの）1308年8月26日—1318年2月26日 在位10年（遗谥，根据其让位后的住所。）

96、（南朝·1） [[ 后醍醐天皇 ]] （ごだいご）1318年2月26日—1339年8月15日 在位21年（南朝第一任天皇。遗谥。）

97、（南朝·2） [[ 后村上天皇 ]] （ごむらかみ）1339年8月15日—1368年3月11日 在位29年（南朝天皇。明治44年追赠追号。）

99、（南朝·4） [[ 后龟山天皇 ]] （ごかめやま、1383年10月—1392年10月5日 在位9年（南朝最后一任天皇。明治44年追赠追号。）

（北朝·1） [[ 光严天皇 ]] （こうごん）1331年9月20日—1333年5月25日 在位2年（遗谥，根据其所居住的寺名、庵号。）

（北朝·2） [[ 光明天皇 ]] （こうみょう）1336年8月15日—1348年10月27日 在位12年（遗谥，根据其所居住的寺名、庵号。）

（北朝·3） [[ 崇光天皇 ]] （すこう）1348年10月27日—1351年11月7日 在位3年（遗谥。）

（北朝·4） [[ 后光严天皇 ]] （ごこうごん）1352年8月17日—1371年3月23日 在位19年（遗谥。）

100、（北朝·6）、 [[ 后小松天皇 ]] （ごこまつ）1382年4月11日—1412年8月29日 在位30年（北朝第六代天皇，在将军足利义满的协助下，接收了南朝后龟山天皇交出的传国神器，统一了南北朝。）

注： 从第96代 [[ 后醍醐天皇 ]] 到第99代 后[[ 后 龟山天皇]]，这四代天皇是 [[ 南朝天皇 ]] ，居住在吉野山。但由于北朝没有象征神权的“三神器”，因此这四代天皇仍是“正统”， 所以按南朝来记代。直到后龟山天皇将“三神器”交予北朝后小松天皇，后小松天皇才能算是第100代天皇。