1946年6月26日,国民党军发动全面内战。遵照中共中央军委的指示，为保卫华北战略基地，抗击国民党军的进攻,于6月恢复晋察冀野战军指挥机构，[[萧克]]任司令员，[[罗瑞卿]]任政治委员，辖第1、 第2、 第3、第4纵队。在国民党军东西夹击张家口的形势下,从7月31日至10月20日，与晋绥军区部队共同进行了[[大同]]、[[ 集宁]] 战役及张家口保卫战。10月下旬，中共晋察冀中央局在河北涞源召开会议，认真总结张家口失守前后的作战经验，确定必须坚持运动战和歼灭战的方针，力求主动作战，并在部队中广泛开展杀敌立功运动。随后取得了易满战役的胜利。12月，晋察冀军区经请示中共中央军委同意，撤销了野战军指挥机构，第1纵队奉命调回晋冀鲁豫军区。所属军区除冀晋、冀中、冀东（原属冀热辽军区）不变外，冀察军区与张家口卫戍区合编为察哈尔军区；热河、热辽（原均属冀热辽军区）军区分别改编为冀热察、冀热辽军区。1947年3月,中共[[晋察冀]]中央局在河北省安国县召开扩大会议，进一步明确了力争主动，摆脱被动，集中兵力，打歼灭战的方针，并作出了加强军内和军民团结、整顿纪律及进行土地改革教育的决定。4月20日,冀察热辽军区及所属部队共8万余人划归东北民主联军建制。4～6月，军区部队连续取得了正太战役、青沧战役的胜利，使国民党军在华北的战略要点石家庄更加孤立。

1947年6月,根据中共中央军委指示，重新组建晋察冀野战军指挥机构，[[杨得志]]任司令员，[[罗瑞卿]]任第一政治委员, [[杨成武]]任第二政治委员，辖第2、第3、第4纵队和炮兵旅。10月，取得了 清风店战役的胜利。11月，解放了石家庄，使晋察冀与 晋冀鲁豫两大战略区完全连成一片,开创了夺取大城市的先例。12月，新建第6纵队，隶属晋察冀野战军建制；新建第1纵队，隶属北岳军区（由冀晋与察哈尔军区合并组成）；新建第7纵队，隶属冀中军区。