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深圳航空于1985年9月23日开始筹办，1989年10月11日以“深圳市航空公司”名字注册，1992年12月24日定名为“深圳航空公司”，1993年9月17日正式开航，当时的航司代码为IATA：4G[1]，ICAO：CSZ，最早是由中国国际航空股份公司、[[深圳经济特区华侨城经济发展总公司]]（当时代表港中旅集团（中国旅行社总社）出资）、[[中银信托投资公司]]（中国银行属下子公司）、[[深圳市南方通发公司]]（深圳运输局属下企业，代表深圳市政府出资）共同投资组建的股份制航空公司。1994年底，深航开通99777电话订票服务，在中国内地首创"一小时内免费上门送票"服务。1997年9月8日，深航与[[四川航空]]、[[山东航空]]、[[武汉航空]]、[[中原航空]]、[[海南航空]]组成新星航空联盟，并实行互相签转、统一优惠等服务；但该联盟于2001年解散。2000年9月30日正式更名为“深圳航空有限责任公司”。2001年11月，深圳航空与中国航信和中国民航结算中心合作，在[[深圳]]至[[北京]]、[[海口]]和[[桂林]]的航线上开始试行电子客票，由此成为中国内地第一家开通电子机票业务的航空公司；同年底，深圳航空以占当年中国民航系统五十分之一的飞机架数，实现了当年中国内地民航业近五分之一的利润。亦相当于该公司2000年利润的5.3倍，资本利润率达到33％。2002年3月31日24 ：00 :00 起， 经IATA及民航总局许可，深圳航空航班IATA代码由4G更改为ZH（取“圳”字汉语拼音前两位字母）；同年5月，深航在中国内地首创联程航班，实行“一票到底、无缝转机”业务。