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气候变化、污染、 [[ 棘冠海星 ]] 和渔业是对大堡礁生态系统健康危害最大的因素。其它的威胁还有海运事故、油外泄和热带气旋。骨骼侵蚀带是一种发生在骨状珊瑚上的由原生动物珊瑚盐泡纤毛虫（Halofolliculina corallasia）引起的疾病，可以感染31种珊瑚。根据一项[[美国国家科学院]]的研究，自从1985年来，大堡礁已经因为上述危害因素损失了超过一半的珊瑚礁，其中三分之二的损失是发生在1998年以后。一份2016年三月的报告显示，因为海洋暖化引发第三次全球白化事件，导致中北部的珊瑚礁可能全数摧毁，占据大堡礁整体40％以上。