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然而好景依然不长，后醍醐帝意在寻求天皇新政，却无法满足新兴武士阶层利益。建武三年（1336），足利尊氏与后醍醐帝决裂，迎回持明院统的废帝[[光严天皇]]（上皇），创立[[室町幕府]]；后醍醐在短暂投降之后又跑出[[京都]]另立朝廷，整个国家进入到[[南北朝时代]]（1336-1392）。这一时代里，原持明院统在北朝持续，而大觉寺统在南朝持续，直到明德三年（1392）北朝皇室由于同室町幕府合作而拥有压倒性实力，最终统一全国并将皇统延续至今。

==日本天皇==