日喀则土地面积为1760万公顷，耕地面积7.95万公顷，常年播种面积7.5万公顷左右，森林覆盖率6.81%。
日喀则有河流100余条，西藏第一大河雅鲁藏布江发源于日喀则市[[仲巴县]][[杰马央宗冰川]]，[[年楚河]]是另一条重要的河流，发源于[[康马县]]，经江孜、白朗在日喀则汇入 [[ 雅鲁藏布江 ]] 。
大小湖泊40多个，大多是咸水湖或盐湖，湖水含盐、硼、钙、钠等矿物质成分，在[[喜玛拉雅山脉]]的雪峰冰川区，还有冰川湖、冰碛湖，其中[[长芝冰川]]附近有一小湖，海拔6116米，被列为世界“悬湖”之最。