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政變後的混亂導致馬利北境超過半數領土遭蓋達組織、激進及分離主義叛軍佔領。法國與部分非洲國家，應過度政府要求出兵協助平叛、打擊恐怖組織，基本上政府軍控制北方地區。 [[聯合國安全理事會]]於2013年派遣維和部隊[[聯合國馬利多層面綜合穩定特派團]](MINUSMA)前往馬利北部維安。政府與北部武裝團體於2015年簽署了和平協議，緩解敵對狀態 ，但 。 而 恐怖組織仍以游擊戰方式盤據北部地區，突襲政府軍及維和部隊 ，並煽動種族間的衝突 ，並傳出多起屠村事件，迄今危機仍未解除。<ref name="MOFA"/><ref name="CIA"/><ref name="FMPRC"/>