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但是，由于苏格拉底生前特立独行的为人风格和颠覆性的哲学理念，使他在身后也受了不少争议。自19世纪兴起的非理性主义在欧洲的迅速传播，关于以苏格拉底等人为首的理性主义者的争议也此起彼伏。19世纪非理性主义哲学家尼采在他的著作《快乐的科学》《朝霞》等著作中曾强烈抨击苏格拉底，把苏格拉底称作“乐观主义的科学精神”的“始祖”。所谓“科学精神”，是指“最早显现于苏格拉底人格之中的那种对于自然界之可以追根究底和知识之普遍造福能力的体现”。尼采认为，苏格拉底的影响笼罩着世世代代，直至于今日。自苏格拉底世代以来，人们相信科学至上，知识万能，思维能洞悉事物的本质。这种理念是“一种专横的，绝对的信念”，因而也就是信仰。所以，“即使科学也是建立在一种信仰之上的，根本不存在'无前提的'科学”。