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但是当时倒幕的势力，如护良亲王、河内国的楠木正成、播磨国的赤松则村（圆心）等人，活跃于日本各地，纷纷表示效忠于后醍醐。元弘三年/正庆二年（1333年）后醍醐天皇在名和长年等人的帮助下逃离隐岐岛，逃至伯耆国船上山（今鸟取县东伯郡琴浦町内）举兵讨幕。
镰仓幕府的执权北条守时派遣足利高氏（即后来的 [[ 足利尊氏 ]] ）前往征讨，但足利高氏却倒向了后醍醐一方，攻陷了幕府的六波罗探题。此后新田义贞在东国举兵，攻陷镰仓，北条氏和镰仓幕府一起灭亡了。
===建武新政===
回到京都的后醍醐天皇不承认 [[ 光严天皇 ]] 皇位的合法性，尊之为上皇，剥夺了他所有权力。同时废除了幕府和摄关制度，建立了天皇独裁政权，由天皇自行任免官职。这就是历史上的建武新政。同时废去了邦良亲王遗孤康仁亲王的皇位继承权，将自己的儿子恒良亲王立为皇太子。
建武新政表面上是复古，事实上建立了天皇专制政权。而且其激进的改革、恩赏的不公平、朝令夕改的法令和政策以及对贵族、大寺社、武士等较大势力集团权利的侵害，最终导致了新政的失败。公卿们也对新政持冷漠态度，著名的二条河原落书就对新政的无能进行了批判。同时， [[ 征夷大将军 ]][[ 护良亲王 ]] 在倒幕中功勋卓著，但在足利尊氏的谗言下，被天皇放逐到了镰仓。
===讨伐反叛===
建武二年（1335年），足利尊氏借镇压中先代之乱的契机前往东国，镇压成功之后在镰仓自行封赏有功的将领，与新政对抗。
后醍醐天皇命 [[ 新田义贞 ]] 前往征讨，义贞在 [[ 箱根竹之下之战 ]] 中败北，尊氏迫近京都。但随后 [[ 楠木正成 ]] 、 [[ 北畠显家 ]] 在京都击破尊氏，尊氏逃往九州岛。翌年足利尊氏在九州站稳了脚跟，得到了光严上皇的院宣，再次迫近京都。
楠木正成建议同足利尊氏谈判，同时迁都以疲敌军，但被后醍醐天皇拒绝了。新田义贞、楠木正成一起讨伐尊氏，在凑川之战中战败，正成战死，义贞逃回京都。
===晚年岁月===
足利军入京后，后醍醐天皇逃往比睿山抵抗。足利尊氏建议达成和解，后醍醐天皇将三神器交出。尊氏让光严上皇开设院政，并由持明院统的 [[ 光明 天皇 ]] 即位，制定建武式目，开设室町幕府。
后醍醐天皇从幽禁地花山院中逃出，声称交给足利尊氏的三神器是赝品，自己本人逃到了大和国的吉野（今奈良县吉野郡吉野町），开设南朝朝廷，从此开始了日本的南北朝时代。
后醍醐天皇让 [[ 新田义贞 ]] 奉尊良亲王和恒良亲王前往北陆；怀良亲王为征西将军，前往九州；宗良亲王前往东国；义良亲王前往陆奥。向各地送出皇子镇守，与北朝和室町幕府对抗。
延元四年/历应二年（1339年）八月十五，后醍醐天皇让位给了回到吉野的义良亲王（ [[ 后村上天皇 ]] ），翌日遗言“讨灭朝敌、夺回京都”，在吉野的金轮王寺驾崩，享年52岁（满50岁）。
摄津国住吉行宫的后村上天皇，命令南朝下属的住吉大社宫司津守氏在庄严净土寺为后醍醐天皇举行大法要。同时足利尊氏为了吊唁后醍醐天皇，在京都建立天龙寺。
==亲属成员==
皇后（中宫）： [[ 藤原禧子 ]] （1303-1333） - [[ 西园寺实兼 ]] 女
皇女
欢子内亲王（1315-1361） - [[ 光严天皇 ]] 妃
皇后（中宫）：珣子内亲王（1311-1337） - [[ 后伏见天皇 ]] 女
幸子内亲王
女御：藤原荣子 - 二条道平女
宫人：游义门院的一条局 - [[ 藤原实俊 ]] 女
世良亲王（1312-1330）
皇女
宫人： [[ 阿野廉子 ]] （1301-1359） - [[ 阿野公廉 ]] 女
恒良亲王（1325-1338）
成良亲王（1326-1344）
义良亲王（ [[ 后村上天皇 ]] ）（1328-1368）
祥子内亲王 - 斋宫
法仁法亲王（1325-1352）
最惠法亲王
无文元选（1323-1390）
宫人： [[ 藤原为子 ]] - [[ 二条为世 ]] 女
尊良亲王（1311-1337）
欣子内亲王
宫人：勾当内侍 - [[ 源经资 ]] 女
皇女
皇女
宫人：民部卿三位 - [[ 日野经光 ]] 女?
妣子内亲王
贞子内亲王
宫人： [[ 平基时 ]] 女
皇女
皇女
宫人： [[ 洞院公敏 ]] 女
瑜子内亲王
皇女
宫人：权大纳言三位局 - [[ 二条为道 ]] 女
皇女
宫人：大纳言典侍 - [[ 北畠师重 ]] 女
宫人：勾当内侍 - [[ 世尊寺经朝 ]] 女
生母不详