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波札那的愛滋病感染率位居全球前列，這導因於非洲的性觀念開放，加上愛滋病可透過母子垂直感染 ，導致罹病人口曾高達40% ，但政府透過 編列預算 提供免費愛滋藥物、檢查愛滋病等方式，以遏止愛滋病罹患人口攀升 。2001年至2011年間 ， 相對降低愛 艾 滋病 的死亡 發病 率 下降了71％ ，相對的提高國民平均壽命。總統於國情咨文中提及，在實現零新感染的目標之前對抗艾滋病仍為首要事項。<ref name="CIA"/><ref>{{cite web| url=https://e-info.org.tw/node/27540 |title=擺脫亡國滅種厄運 波札那對抗愛滋病有成|date=2007-10-23| publisher=環境資訊中心| language = ZH |accessdate=2019-11-05}}</ref><ref>{{cite web| url=https://www.thenewslens.com/article/21646 |title=非洲總統「萬萬歲」：全世界前20名「長壽」元首，他們就囊括一半...|date=2015-08-16| publisher=關鍵評論網| language = ZH |accessdate=2019-11-05}}</ref><ref>{{cite web| url=https://www.bw.undp.org/content/botswana/en/home/ourwork/hiv_aids/overview.html|date=2018年 |title=HIV/AIDS | publisher=UNPD in Botswana | language = EN|accessdate=2019-11-06}}</ref>

 受艾滋病影響最大的族群為婦女、年輕人及性工作者。   根據數據顯示2016年，15-49歲的成年女性感染率為26.3％，但同區段的男性僅為17.6％ ，起因於性別不平等和性別暴力等因素導致婦女的感染率高於男性。 據統2000年的統計資料，15歲的年輕人死於愛滋病相關疾病的機率超過50％，雖然在治療面取得了實質進展，但是針對年輕人對艾滋病毒預防計劃仍亟待加強。15-24歲之間的年輕人罹患愛滋病比率為2005年6％、2016年感染率為5.4％，年輕婦女為10.2％；感染率幾乎沒有獲得改善，這導因於年輕人並不了解艾滋病的相關知識。 波札那在艾滋病的治療方面已取得重大進展，但在預防方面卻成效不彰，加上國際捐助資金的減少，預防艾滋病仍存有許多障礙 。<ref name="CIA"/><ref>{{cite web| url=https://e-infowww.avert.org.tw/nodeprofessionals/hiv-around-world/sub-saharan-africa/27540 botswana|titledate= 擺脫亡國滅種厄運 波札那對抗愛滋病有成2018年 |datetitle=2007-10-23HIV AND AIDS IN BOTSWANA | publisher= 環境資訊中心AVERT| language = ZH EN|accessdate=2019-11-0506}}</ref><ref>{{cite web| url=https://www.thenewslensbw.comundp.org/content/botswana/en/home/articleourwork/21646 hiv_aids/overview.html|titledate= 非洲總統「萬萬歲」：全世界前20名「長壽」元首，他們就囊括一半...2018年 |datetitle=2015-08-16HIV/AIDS | publisher= 關鍵評論網UNPD in Botswana | language = ZH EN|accessdate=2019-11-0506}}</ref>