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宋孝建年间，他当州里主簿，任为后军将军。他的伯父豫州刺史护之，其子袭祖任淮阳太守， [[ 宋孝武帝 ]] 因事贬谪他到岭南，护之绝食而死。皇帝病重时，又派人去杀袭祖，袭祖临死时，给荣祖写信说：“弟弟常勉励我要谨慎行事语言谦逊，现在果真完了。”

明帝刚即位时，四方反叛，授予荣祖为冗从仆射 <ref>pú yè 仆射 职官名。秦时设置，因古时重视武官，用善射的人掌理事物，汉以后各朝都据秦法而有此官。至唐时，左右仆射相当于宰相的职任。宋徽宗时改左右仆射为太宰、小宰，此后仆射之名不复存在。《汉书．卷一九．百官公卿表上》：「仆射，秦官，自侍中、尚书、博士、郎皆有。古者重武官，有主射以督课之。」[https://www.zdic.net/hans/ 汉典]</ref> ，派他回到徐州劝告刺史薛安，荣祖被扣留不能回京，于是收集部下，成了安都的将领，暂任冠军将军。北虏进入彭城，荣祖带着家眷往南逃奔朐山，北虏派骑兵追赶不上。荣祖害怕因造事获罪，就逃到淮上。太祖在淮阴，荣祖归附太祖，太祖保护了他。等到明帝驾崩，太祖写信送荣祖去见仆射褚渊，任宁朔将军、东海太守。褚渊对他说：“萧公赞扬你有才干，因此把这个郡给你。”

在巴东王子响的事件中，地方镇守官员都奏告说王响叛逆，荣祖说：“这事不能这样说，只能说塞蝼等人辜负圣恩，逼迫巴东王，才成了这样子。”当时众人的启奏都不能上达，事情平定后，皇上才审察这事，认为荣祖是了解实情的论述。永明九年，去世，终年五十七岁。   <ref>《南齐书 卷二十八 列传第九》[https://shici.chazidian.com/shi75871/ 查字典诗词网]</ref>

垣荣祖少年时代就学习骑马、射箭，曾有人问他说：“舞枪弄刀，十分危险，为什么不走读书之路！”垣荣祖说：“从前， [[ 曹操 ]] 父子上马手舞长矛，下马提笔写诗，这样生在天地之间，才可说是不辜负天地养育之恩。像你们这些读书人，连保护自己的能力都没有，跟犬羊有什么区别！”