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1947年，李宗仁宣布竞选副总统。刘士毅作为桂系在江西的头面人物，专程从南京赶回南昌，进行"拉票"活动。他除本人要在原籍都昌县竞选"国民代表"以外，还要拉拢在江西的友好，从各个方面竞选"国民代表"，为李宗仁竞选副总统创造有利条件。

李宗仁当选副总统不到一年，就代理总统。刘土毅被委任为总统府上将参谋长，为李宗仁的首席幕僚。1949年4月23日，解放军横渡长江。就在这天凌晨，他随同李宗仁乘飞机离开南京，先到桂林，再转广州。7月，他飞往台北，曾任国民党中央评议委员。1982年10月，他病故于异乡。