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初平三年（192年），与[[韩遂]]共同率众前往[[长安]]，被任命为[[征西将军]]。兴平元年（194年），马腾企图连结[[种邵]]等诛杀权臣[[李傕]]、[[郭汜]]，但为其所败，只得回到[[凉州]]。不久被赦免，拜[[安狄将军]]。其后与[[韩遂]]结为异姓兄弟。建安七年（202年），转为[[征南将军]]，开府。后与[[韩遂]]不和，互相攻击。建安十三年（208年），被徵为[[前将军]]，[[假节]]，封[[槐里侯]]，屯[[槐里]]。

之后，马腾听从[[张既]]的建议，入朝担任[[卫尉]]。建安十六年（211年），其子[[马超]]起兵抗拒[[曹操]]。次年，马腾与其二子皆为[[曹操]]所杀，[[夷灭三族]]。