万历二十七年三月，吴惟忠升任左军都督府都督佥事。次年因年老病残辞职，竟被免职回家。后蒙应天府巡抚辩护，才改任应天军门标将。坚持不受，遂隐居夏演裹金岩谷间。卒年不详。