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1938年，陈无咎出任上海丹溪大学校长，接受名誉医学博士学位，国民政府特授七级嘉禾勋章，奖给“保卫桑梓”匠额。他先后担任了《神州医药总会》月刊主笔、中华博医学会编审主裁、中央国医馆学术委员，并主持中医学的名词统一整理工作。这一时期，是陈无咎潜心医学研究、著作频频问世的鼎盛时期。他将其一生医学钻研心得及其治病实验、教育经验写成百余万言的《黄溪医垒》丛书5辑，为中华医学事业作出巨大的理论贡献。《黄溪医垒》丛书第一辑为《医量》、《医学通论》；第二辑为《医轨》、《藏腑通诠》、《妇科难题》；第三辑为《医事前提》、《黄溪方案》、《在抢室答间》；第四辑为《黄溪友议》、《刚底灵素》、《医壑》等；第五辑为《伤寒论蜕》、《中国儒医学案》。黄元白（原国民政府众议员）在为陈无咎作小传中写道：“溯泗医著以来，几未有无咎之博者。中医读之，弥见奋兴，喜得导师宗匠；西医得之，深自悚蝗，不敢轻相国士。古称三不朽：立德、立言、立功，今无咎洞一术而三名俱立，此孟轲所由悬择术也……”。许世英（曾任国民政府安徽省省长、驻日大使）在该丛书著文对陈无咎推祟备至，他说：“无咎教授空邃于医学，近著《医轨》一书，凡人质之强弱，生理之本原，病症之虚实，药刘之取舍，融会中西，阐明义蕴，变古而不失其精，通今而不失其量，上追灵素，横贯四家，今日东方医学之正轨矣!业是术者苟能循是轨，而善师教授之意，以推得古人之意，神明而变化之，庶得其道矣。”除《黄溪医垒》丛书之外，陈无咎还著有《黄溪大案》、《内经辨惑提纲》、《中华内科学讲义》、《金匮参衡》等专著。

[[File:Timg (7)aq.jpg|缩略图|400px|陈元咎书法]]

难能可贵的是，陈元咎工诗词<ref>[https://www.gushiwen.org/wen_2901.aspx 陈无咎的词集],古诗网</ref>，擅书法，还写过有关辛亥革命文章和英烈传略，如《震悔堂文存》、《倚剑楼诗集》、《善补过斋笔记》、《清史论衡》、《无闾子》、《周易简解》等书籍，都自成一家之言，可谓学识渊博，才高八斗。同辈学者由衷地赞叹：“他人有止境，而黄溪无止境也。”