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章孝慈與其兄[[章孝嚴]]是蔣經國與部屬[[章亞若]](蔣經國的秘密夫人章亞若ㄢ<ref>[http://tw.people.com.cn/BIG5/62975/62976/10140854.html   蔣經國的秘密夫人章亞若]</ref>外遇|婚外所生的[[雙胞胎]]，<ref>[http://books.sina.com/bg/artbook/talent/2008-01-23/ba11461.html新浪首頁 - [[蔣經國]]的五個兒子不同境遇 兩私生子險被暗殺]</ref>[[章孝嚴]]和[[章孝慈]]永遠不會理解這政治家族森嚴可怖的家規，特別對於已被[[蔣介石]]暗定政治繼任者的[[蔣經國]]來說，更不允許他在私生活中做出半點有損政治威信的事來。 　　[[蔣經國]]為保護章亞若和尚未降生的孩子的安全，同時也為保住自己的名譽，在桂林西郊麗獅路租了一所民房。然後讓[[章亞若]]在那裡神不知鬼不覺地生下孩子。 他們於[[中國抗日戰爭]]期間在[[桂林]]出生。由於蔣經國已經與[[蔣方良]]結婚，因此這兩名私生子僅只能從母親的[[章姓]]，名字由[[蔣中正]]欽定為「孝嚴」、「孝慈」，與蔣經國的其他兒女一樣是「孝」字輩。 章亞若於1942年8月被[[謀殺]]，兩兄弟由 [[ 章亞若 ]] 的弟弟 [[ 章浩若 ]] 及他的妻子 [[ 紀琛 ]] 扶養；舅舅及舅母在官方文件上登記為兩兄弟的的生父母 。 [[國共內戰]]其間，兩兄弟隨外婆周錦華移居台灣新竹，後來兩兄弟同時在臺北東吳大學就讀。其後章孝慈在[[美國]][[南美以美大學]]獲政治學碩士，在美國[[杜蘭大學]]取得法學博士。 1992年任東吳大學校長。 1994年11月14日在[[北京]]進行學術訪問時因[[腦溢血]][[中風]]陷入昏迷，於北京治療數日後以飛機經[[香港]]轉送回[[台湾]]治療；雖然他此後從未清醒，但仍獲東吳大學校方保留其校長職務，直至臥病一年多後過世。<ref>[https://news.cts.com.tw/cts/general/199602/199602241848468.html 華視新聞1996/02/24 - 章孝慈今晨肺炎病逝]</ref>章孝慈先生臥病在床期間所住的榮民總醫院163號病房，下午已經開始打掃清理，主治醫師蘇明勳表示章孝慈是在十七號，因為肺炎輕微發燒，雖然給予抗生素卻沒有好轉，二十二日開始發高燒，二十三日晚間病情加劇，八點多血壓下降，經過急救後無效，宣告死亡。 　　章孝慈去世的時候，他的夫人，小孩和孿生兄弟章孝嚴夫婦都陪在他的身邊。章孝慈是在兩年前東吳大學校長任內，出席北京舉辦的國際會議時，因腦幹出血，中風住院，十天後送回榮總加護病房，呈現植物人狀態，去年九月病情穩定轉入普通病房，但十七號，開始出現異狀，凌晨終告不治 。

[[ 章孝慈 ]] 曾長期固定拜訪[[二二八事件|二二八]]受難者家屬，並在東吳校長任內舉辦二二八追思會，重病之後續由其 [[ 兄章孝嚴 ]] 代為出席。