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腓特烈二世的父亲是神圣罗马帝国皇帝[[亨利六世 (神圣罗马帝国)|亨利六世]]，母为[[康斯坦丝 (西西里)|西西里的康斯坦萨]]（由[[诺曼人]]统治的西西里王国唯一的女继承人）。出生于[[意大利]][[安科纳]]边防区（[[马克]]）的耶西（Jesi Mark Ancona），独生子。

腓特烈二世极其注重君威，留下了大量雕塑，使今人得以猜测他的容貌。青年时，其容貌相当地俊美清秀，显得很沉静。但随着岁月增长，而越来越清瘦，表情越来越严厉，在他老年的雕塑中，人们看到的是一位皱着双眉、似乎相当严厉的君主。

[[薄伽丘]]在《[[名女传]]》里记载了关于他的母親康斯坦丝皇后的传说，有预言称她的婚姻将毁灭西西里，所以[[古列爾莫二世 (西西里)|古列爾莫二世]]强迫童年的她发誓永远守住处子之身，发誓不婚。她在[[修道院]]一直待到三十多岁，後來在34岁时嫁给了年轻的亨利六世。

康斯坦丝皇后在婚后一直没有孩子，直到40岁才怀了孩子，有些不怀好意的人宣称一个屠夫的儿子将被调换成皇子，这对靠血缘世袭的西西里王室而言是十分危险的流言。1194年12月26日，皇后在赶往西西里（皇帝已经于[[圣诞节]]加冕成为西西里国王）的途中感到了分娩的阵痛，她在耶西的市集上搭起了帐篷，为了维护孩子正统的继承权力，她允许镇上的女公民观看皇后的分娩，并把赤裸的正滴着乳汁的胸脯给众人看。