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联合实验室以先进计算为手段，针对基础研究中的重要工具——科学软件，开展算法研究、发展科学计算软件 <ref>[https://www.sohu.com/a/706129918_121766854 科学计算软件Maple 2022]，搜狐，2023-07-26</ref> 、建设软件开发环境、培育科学软件应用生态和培养相关专业人才，提升我国超级计算软硬件系统的自主能力，推动我国基础物理研究的创新发展。

联合实验室设科学技术委员会、实验室主任、秘书 <ref>[https://www.sohu.com/a/12976948_133697 秘书的种类有哪些？] ，搜狐，2015-04-29</ref> 处和项目组。科学技术委员会是联合实验室最高决策机构，负责审定联合实验室发展规划和年度工作计划、对一定期限内的研究方向或开发任务进行可行性论证、为联合实验室争取资源，聘用和考核联合实验室主任和副主任，推荐联合实验室总工程师。联合实验室实行主任负责制，主任按照科学技术委员会给定的方向和资源，组建项目团队，定期考核、定向支持，确保按期完成既定目标。副主任协助主任开展工作。 秘书处负责联合实验室日常运营和管理。总工程师负责联合实验室技术架构指导，确定技术路线，负责组织协调专家和技术团队进行难点攻关等。项目组由实验室主任按照具体任务、目标聘请组建，按照分配的任务和提供的资源，保质保量按期完成实验室主任安排的研发任务。