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*2002年5月23日上午7時58分：遠東航空公司EF-161班機（機型：[[B757#757-200|波音 757-200]]），國籍標誌及登記號碼：B-2701x。自臺北松山機場起飛，7時58分時在飛行中遭到落雷擊中飛機右翼避雷針，飛機於8時許平安降落臺南機場無人員傷亡。經檢查後機上的靜電釋放器受損，更換靜電釋放器後航機繼續執行任務。<ref> 《[http://www.epochtimes.com/b5/2/5/23/n191804.htm 遭閃電擊中遠航班機平安降落臺南] {{Wayback|url=http://www.epochtimes.com/b5/2/5/23/n191804.htm |date=20150924051721 }}》 ， 大紀元時報，2002年5月23日</ref>*2003年3月21日晚上10時30分：[[復興航空]]公司GE-543班機（機型：[[空中客车A321#A321|空中巴士 A321-131]]），國籍標誌及登記號碼：B-22603。自臺北松山機場起飛，進場時臺南機場塔台管制員未確認[[跑道]]淨空即頒發降落許可，導致航機於36R跑道降落滾行時撞擊德寶營造所屬之施工車輛。飛機左起落架、左輪艙門、左內側後緣襟翼及左後方機身受損嚴重，[[空中客车|空中巴士公司]]評估無法修復後該航機報廢<ref>《[http://news.chinatimes.com/LifeContent/1413/20130728001644.html 纏訟國賠案 復興籲國防部負責]{{dead link|date=2018年4月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}》中時樂活網 via中央社，2013年7月28日</ref> ，航機乘員無人傷亡。地面施工人員受傷送醫。<ref>[http://www.asc.gov.tw/asc_ch/accident_list_2.asp?accident_no=73 復興GE-543飛安會調查報告] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20120321151103/http://www.asc.gov.tw/asc_ch/accident_list_2.asp?accident_no=73 |date=2012-03-21 }}</ref>*2004年5月17日上午09時50分：復興航空公司GE-525班機（機型：[[空中客车A321#A321|空中巴士 A321-131]]），國籍標誌及登記號碼：B-22602。自臺北松山機場起飛，在臺南機場[[機坪|停機坪]]旅客下機位置停妥後，由[[臺灣航勤]]之地勤人員駕駛的自走式扶梯車要接送乘客下機時，該車疑似機械故障導致煞車失靈。扶梯車撞擊到飛機尾部左方的水平翼，該處蒙皮出現約20公分的破損。航機乘員無人傷亡。<ref>《[http://vivian88.idv.tw/SQLPage12/NewsInto.asp?News_id=45860&action=assign&CompanyName=%B4_%BF%B3%AF%E8%AA%C5 台勤樓梯車接客下機煞車失靈 復興航空澄清非撞空橋]{{dead link|date=2018年4月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}》鉅亨網，2004年5月18日</ref>

*2015年4月1日下午01時19分：隸屬於{{link-en|美國海軍陸戰隊航空兵|United States Marine Corps Aviation}}{{tsl|en|[[VMFA-323| ]] 美國海軍陸戰隊第323戰鬥機攻擊中隊|第323戰鬥機攻擊中隊}} （VMFA-323）的兩架[[F-18]]戰鬥機（長機編號：WS410，僚機編號：WS404），在執行由[[日本]][[琉球]][[嘉手納基地]]至[[新加坡]]的任務時，於[[恆春]]西南方40海浬處，僚機儀表版發出右側發動機油管壓力異常訊號，隨即掛出7700電碼宣告進入緊急狀況，並立即向[[交通部民用航空局|民航局]]飛航服務總台申請預防性緊急迫降於臺南機場，人機均安。由於本地沒有該型機的備用零組件因此4月2日美軍再派遣了一架[[C-130運輸機]]搭載了所需零組件及技師於20時35分抵達臺南機場準備進行修護。4月3日13時12分及15點15分兩架完成測試及整補作業的戰鬥機與前來支援的C-130J運輸機相繼起飛離開臺南機場。詳見[[2015年美軍F-18戰機降落臺南機場事件]]。