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中国科普研究所下设科普理论与政策研究室、科学素质研究室、科普创作与传播研究室、国际合作处、文献信息服务处、科研管理处、人事处、办公室，内设中国科学探索中心、中国科幻研究中心、科普监测与评估中心和[[博士后]]科研工作站，承担中国科协科技传播与影视融合办公室工作。主办“中国科普研究”网站及微信公众号，编辑出版《科普研究》《科普创作评论》《科学故事会》期刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/236993729_757613 期刊基本常识，你了解多少] ，搜狐，2018-06-21 </ref> ，定期发布中国公民科学素质抽样调查结果和《国家科普能力发展报告》《中国科学教育发展报告》《中国科幻产业发展报告》等系列研究报告。

中国科普研究所积极拓展科普国际合作，先后与国际公众科技传播组织（PCST）、美国密歇根州立大学、加拿大魁北克大学、新西兰奥塔哥大学等国外多家机构建立合作关系。近年来，深入搭建科学素质国际交流合作平台，推进[[世界]]公众科学素质 <ref>[https://www.sohu.com/a/583125051_119038 提升公民科学素质该从何做起] ，搜狐，2022-09-07 </ref> 组织正式成立，深化文明互鉴和[[资源]]共建共享，不断扩大科普国际朋友圈，积极倡导提升公众科学素质共同价值理念，服务推动构建人类命运共同体。