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[[File:Nier-automata-the-end-of-yorha-edition-screens-nintendo-dire s7vq.jpg|缩略图|遊戲打鬥畫面]]
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<H1>'''故事'''</H1><br>
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寄葉機型2B和9S為未來進攻機械領土開闢道路，幫助地方抵抗軍消除機械威脅。在抵抗軍首領安妮莫寧和機械生物帕斯卡的幫助下，2B和9S消除了多地的機械威脅。在執行任務期間，他們遇到了人形機械生物亞當和夏娃，後者透露他們的創造者在幾個世紀前就已被消滅。2B和9S也遭遇了同樣來自寄葉部隊的A2。據調查，機械生物開始產生情緒並聚集成群，有些像帕斯卡那樣的群體已經厭倦了戰鬥。後來9S被亞當抓走，2B殺死亞當救出9S。失去哥哥的夏娃悲憤填膺，控制機械陷入瘋狂狀態。2B和9S最終殺死了夏娃，但9S遭機械生物邏輯病毒的感染，2B被迫殺死他。儘管9S的身體已經死亡，但他把個人資料保存在了本地機械網路，使他能轉移到一個新的軀體中。二周目以9S的角度敘述故事，對機械生物與亞當夏娃提出了新見解。9S還了解到，《尼爾》的事件後人類已經滅絕，只有月球上的伺服器還保存著人類的DNA與歷史。寄葉部隊是為保持人造人的鬥志而創立。9S在與地堡伺服器同步資料時，遇到一處干擾，他終止了自己與2B的同步程式。