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该平台于2001年更新为接近当年国际水平的第二代——高通量（200 ～ 300蛋白质/天）、高灵敏（fmol）、高分辨率（>10,000）、高准确度（5 pmol）的较完整系统，包括可同时运行12块电泳胶的Ettan DALT twelve（Amersham）、能够进行随机序列分析和准确鉴定翻译后修饰的毛细管高效液相色谱-电喷雾-四极杆飞行时间串联质谱（CapLC Q-TOF2，Micromass）、带有源后衰变（PSD）功能的基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS，Reflex III）和高自动化、可连续运行3840个样品的飞行时间质谱Autoflex（Bruker）、高容量HCT离子阱质谱和三级四极Quattro电喷雾串联质谱以及自动切胶系统SpotCutter（Bio Rad）和自动酶切系统MassPrep（Micromass）。
本平台已经更新为第三代。它以超高性能的9.4T混合型串联傅里叶变换回旋共振质谱为主要特征。分辨率超过140万，准确度优于1.0 ppm，可实现超高分辨、高准确度和高灵敏度的多级串联质谱功能。该系统配备了丰富的辅助离子解离组件，可实现整体蛋白质的序列标签分析，无须进行酶切而直接鉴定蛋白质，是研究生 <ref>[https://www.sohu.com/a/519981348_121124320 考上研究生，原来好处这么多！]，搜狐，2022-01-30</ref> 物标志物最有力的、最可靠的手段。
全国近400单位/课题组在此平台上工作，课题来源包括973课题、863课题、国家自然科学基金 <ref>[https://www.163.com/dy/article/G0MKVFME0511DCTQ.html 重磅！2021国家自然科学基金项目指南发布]，网易，2021-01-19</ref> 、开发与生产等。确认了数十个全新蛋白。部分单位根据我们提供的结果成功克隆到新基因。许多课题因为本平台支持而获得国家、地方科技基金的资助。
==北京质谱开放平台==