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2015年10月7日，陳亭妃抨擊國民黨主席[[朱立倫]]在[[換柱事件|換柱]]的過程中，明確涉及威脅、利益交換，屬於「[[搓圓仔湯]]」的行為，具狀向台北地檢署告發朱立倫及國民黨秘書長[[李四川]]違反《總統副總統選舉罷免法》。陳亭妃指出[[洪秀柱]]在記者會三度提及，不會私下接受任何條件交換，也不會對任何不合理的勢力低頭，陳表示「這就證明朱找洪討論換柱時，已涉威脅或不當利益交換，當然是[[ 搓圓仔湯]] 」。<ref>[http://news.ltn.com.tw/news/politics/paper/921952 〈換柱涉搓圓仔湯 綠委告發〉，《自由時報》，2015-10-08]</ref> 。陳亭妃表示立法院民進黨黨團已掌握兩名可能知道「換柱」錄音帶的關鍵人物。特偵組約談陳亭妃時，她供稱兩名關鍵證人是[[ 洪秀柱]] 辦公室顧問、[[台大]]政治系教授[[張亞中]]和辦公室主任[[喬正中]]。特偵組傳喚張、喬兩人，但兩人都供稱沒有該錄音檔。11月6日，特偵組以不起訴偵結該案。<ref>[http://www.appledaily.com.tw/realtimenews/article/new/20151106/726960/ 〈換柱不起訴關鍵　證人：沒有錄音檔〉，《蘋果即時》，2015-11-06]</ref>

民進黨諸多立委陳亭妃、 [[ 林淑芬 ]] 、 [[ 劉建國 ]] 等人昔日用強烈行動主張[[瘦肉精]]零檢出<ref>[http://pttweb.tw/thread/m-1461413710-a-e01 民進黨反美豬、瘦肉精圖]</ref>，2016年民進黨執政後遇到美豬瘦肉精議題時卻主張「妥善處理安全疑慮與產業衝擊」。<ref>[https://www.facebook.com/fififans/posts/1108870642467220 立法委員 陳亭妃：美豬議題]</ref>

2016年7月1日，民進黨立委陳亭妃對於[[雄風三型反艦飛彈誤射事件|雄三飛彈誤射事件]]表示：「軍紀敗壞不是在這個時間點所引發，而是從過去8年到現在， [[ 馬英九 ]] （前總統）對於中國的懦弱，而讓大家覺得國防已經不重要了，所以導致發生今天的狀況，這是有前因，所以才會引發這個果。」此話一出引發網友反彈，紛紛湧入她的臉書留言，批評這樣推卸責任實在太誇張。<ref>{{cite news|url=http://news.tvbs.com.tw/politics/news-661888/|title=海軍誤射飛彈　陳亭妃怪馬「太懦弱」惹議|author=徐子婷|publisher=TVBS|date=2016年7月2日|archiveurl=https://archive.is/20160702100311/http://news.tvbs.com.tw/politics/news-661888/|archivedate=2016年7月2日|deadurl=yes}}</ref>

2016年7月， [[ 蔡英文 ]] 總統上任逾2個月，[[台灣民意基金會]]26日公布民調，民意支持度下跌了14%。對此，陳亭妃27日受訪表示，過去馬政府執政8年悖離民意，於是人民將對政府的期待完全轉嫁到蔡英文身上。<ref>[https://newtalk.tw/news/view/2016-07-27/75640 馬維拉神救援？小英民調跌綠委推給馬英九]</ref>