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职能主要有15项：
(一)拟订种植业、[[畜牧业]]、渔业、农业机械化 <ref>[http://society.sohu.com/a/503191982_121171374?_trans_=000019_wzwza 农业机械化现存问题有哪些] ，搜狐，2021-11-24 </ref> 、乡镇企业、农垦等农业各产业(以下简称农业)发展战略、中长期发展规划并指导实施，参与拟订农村经济发展政策、发展战略、中长期发展规划并指导实施。组织起草农业和农村经济的地方性法规、规章草案，负责农业行政执法和行政复议工作，推进农业依法行政。提出有关农产品及农业生产资料价格、大宗农产品流通、金融保险、税收、农业财政补贴及农业产业保护的政策建议并参与制定相关政策。
(二)参与研究提出深化农村经济体制[[改革]]的政策建议，参与指导耕地、农用水域与滩涂、草地使用权流转和减轻农民负担、惠农政策落实工作，参与指导农业社会化服务体系、农村合作经济组织、农民专业合作社和农产品行业协会的建设与发展工作。
(五)承担提升农产品质量安全水平的责任。依法开展农产品质量[[安全]]风险评估，发布有关农产品质量安全状况信息，负责农产品质量安全监测。制定农产品转基因生物安全评价标准和技术规范。参与制定农产品质量安全地方标准并会同有关部门组织实施。指导农业检验检测体系建设和机构考核，依法实施符合安全标准的农产品认证和监督管理。在环境保护部门统一监督指导下，对农业环境保护工作实施具体监督管理。
(六)负责农业生产资料监督管理。依法开展农作物种子(种苗)、草种、种畜禽、水产苗种、兽药 <ref>[https://www.sohu.com/a/328781173_803236 兽药知识汇总，包含兽药的分类，必须收藏！]，搜狐，2019-07-23 </ref> 、饲料、饲料添加剂等农业生产资料的行政许可及监督管理。承担农药、兽药的[[广告]]审查工作。拟订有关农业生产资料地方标准并会同有关部门监督实施。开展兽医医疗器械和有关肥料的监督管理。组织农业生产资料市场体系建设。指导农业机械化发展和农机安全监理。
(七)负责农作物有害生物防治与动物(含水生动物，下同)疫病防控工作。拟订农作物有害生物与动物疫病防治、动植物检疫的发展规划、计划并组织实施，制定农作物有害生物防治与动物疫病防控政策并指导实施，组织拟订农作物有害[[生物]]防治、动物防疫和动植物检疫标准并指导实施，组织指导植保植检体系与动物防疫体系建设、农作物有害生物测报防治、植物检疫性有害生物普查防控。组织监督动物防疫检疫工作，管理动物疫情并参与组织扑灭。承担引进农作物种子(种苗)与动物种苗检疫审批工作。组织兽医医政和药政管理。