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1956年3月，在《全国农业发展纲要》指引下，黑龙江省人民委员会批准成立黑龙江省农业科学研究所筹备处。1956年8月正式成立。
1960年1月，整合了建国前后成立的几个地市农业科研机构 <ref>[http://news.sohu.com/a/565099272_121119252 科研机构组织结构形式浅析] ，搜狐，2022-07-08</ref> ，扩建为黑龙江省农业科学院。
“文化大革命”前期，科研机构瘫痪 ，大部分干部下放劳动。1968年，黑龙江省农业科学院被改为省农业科学实验所，哈（哈尔滨）外的研究所下放地方。
===人员编制===
截至2016年，农科院共有在职职工1727人，高级职 称547 称<ref>[https://www.sohu.com/a/434474602_120668696 评高级职称需要什么条件?哪些机构可以评职称?]，搜狐，2020-11-26</ref>547 人，博士254人。
截至2018年11月，农科院共有1个国家科技部科技创新人才及其创新团队，3个全国农业科研杰出人才及其创新团队，24个省级领军人才及其梯队，拥有全国杰出专业技术人才1人、百千万人才工程国家级人选1人、国家现代农业产业技术体系岗位科学家20人、试验站站长28人，享受国务院和省政府特殊津贴194人次，二级研究员44名，在岗31人。