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2017年12月底，東京地檢署發現得標中央新幹線總工程量近七成的的大林組、清水建設與參與投標但未得標的的另外兩大建設公司鹿島建設、大成建設（以下簡稱四社）疑似合謀抬高工程總預算，違反壟斷禁止法（即俗稱的非法圍標），因此對四社公司總部發動連續多日的搜索行動<ref>{{lang|zh|{{cite news|url=[https://news.tvbs.com.tw/world/838803|title= 日本磁浮新幹線爆弊案！　四大建商非法圍 標|publisher=TVBS ]，TVBS 新聞網|date=2017，2017-12-19|accessdate=2021-06-28|archive-date=2021-07-02|archive-url=https://web.archive.org/web/20210702120158/https://news.tvbs.com.tw/world/838803|dead-url=no}}}}{{zh}}</ref>。2018年3月，東京地檢署正式起訴四社相關負責人，起訴書指四社於2014年4月到2015年8月間，合謀推高中央新幹線品川車站、名古屋車站以及相關軌道增、改建等建設標案的投標價格。大林組與清水建設因為迅速認罪，獲得簡易判決，僅受到罰金處分（大林2億日元、清水1.8億日元），鹿島建設與大成建設主張無罪，進入正式辯論程序。<ref>[https://www.asahi.com/articles/ASNBN7J6TNBNUTIL02Q.html リニア談合、ゼネコン4社に排除命令へ　2社には課徴金]，[[朝日新聞]]，2018-10-21</ref>

*2021年10月27日晚間，中央新幹線位於岐阜縣中津川市瀨戶的瀨戶隧道施工現場發生坍塌意外，造成現場施工人員1死1傷。<ref>{{cite [https://news |title= .ltn.com.tw/news/world/breakingnews/3718279   日本中央新幹線工安意外 施工隧道坍塌1死1傷 |url=https://news.ltn.com.tw/news/world/breakingnews/3718279 |accessdate=2021]，2021-10-28 |archive-date=2022-03-22 |archive-url=https://web.archive.org/web/20220322022647/https://news，news.ltn.com.tw/news/world/breakingnews/3718279 |dead-url=no }}</ref>