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1999年，成功举办了《孙中山与澳门史料图片展》，共展出珍贵[[史料]]、图片123张，首次展出文物15件，介绍了孙中山在澳门生活与从事革命活动的情况。
2001年是[[辛亥革命]]<ref>[https://www.sohu.com/a/494630321_121123774 你不能不知道的辛亥革命] ，搜狐，2021-10-12</ref>90周年暨孙中山诞辰135周年，上海孙中山故居纪念馆举办了系列主题展，推出了《孙中山与辛亥革命史料图片展》、《辛亥革命时期货币展》以及《纪念辛亥革命90周年书画展》等三个展览。其中《史料展》共展出历史图片及文物130余件，集中介绍了辛亥革命期间孙中山在上海开展革命活动的情况；《货币展》展出了辛亥革命时期的货币、债券、纪念币等珍贵文物共83件，这些文物是已故着名钱币专家马定祥生前收集、珍藏的，其中不少是珍品、孤品。
2003年 月，举办“纪念伟人孙中山——上海[[青少年]]书法篆刻展”并赴台展出。
2005年上海孙中山故居纪念馆与[[新加坡]]的晚晴园孙中山南洋纪念馆、广州革命历史博物馆联合举办了《孙中山在南洋》史料图片展，以大量史料图片展现了孙中山在南洋的革命历程。
2006年举办了“纪念孙中山先生诞辰140周年主题画展”，共展出由沪上着名国画家创作的[[国画]]<ref>[https://www.sohu.com/na/409694807_120749958 22种国画分类，你能说的出来几种？]，搜狐，2020-07-26</ref>60幅，作品以孙中山一生中的重大历史事件为题材，用国画特有的艺术形式来表现孙中山的丰功伟绩。
2007年5月举办了“孙中山的追随者——杨庶堪文物史料展”，第一次从孙中山革命事业追随者的角度介绍孙中山革命业绩。展览共展出文物史料21件、图片63幅，其中包括孙中山的手迹以及孙中山赠送给杨庶堪的题签照等[[文物]]。