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由于人为因素的影响，在保护区范围内除人工栽培以外，自然植被以草本植物为主，木本植物 <ref>[https://www.sohu.com/a/230253014_358963 科普：草本植物和木本植物的区别] ，搜狐，2018-05-03 </ref> 多以灌木形式存在，落叶阔叶乔木极少。根据调查结合有关资料，保护区植被可划分为三个自然植被地带：基岩出露的灌丛—草丛地带；黄土台地及沟梁谷坡草原地带和桑干河、壶流河谷底湿地—轻度盐湿灌丛草丛地带。保护区内共发现野生植物67科，326种，按用途分为药用植物类（122种），工业化工原料类（50种），防护、用材、经济林类（16种），食用植物类（43种），饲料牧草类（45种），其他用途类（50种）。