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2009年2月16日，海关总署批准设立如皋海关，机构级别为正处级，隶属南京海关 <ref>[https://www.sohu.com/a/75815651_202137 什么是海关?] ，搜狐，2016-05-17 </ref> 。

如皋海关制定14项促进外贸保稳提质相关措施，持续加大政策支持引导力度，不断提升服务效能。全面落实减税降费要求，落实内销加工贸易货物暂免征收内销缓税利息政策等规定，千方百计帮助外贸企业节约税费、财务成本。积极开展税政调研，向海关总署报送降低固态棕榈硬脂进口暂定税率的调研报告，获批后预计每年可为辖区企业带来1.41亿元的关税减免。支持辖区南通荣威娱乐用品有限公司成为全省首批集团保税监管改革试点，推动集团内企业保税货物跨关区流转免担保、免审批，帮助企业节省相关费用超588万元。加强RCEP <ref>[https://www.sohu.com/a/537762716_115354 什么是RCEP] ，搜狐，2022-04-14</ref> 政策宣讲，靠前指导企业用好相关规则，截至10月底签发RCEP等各类原产地证书7996份，减免境外关税1207万美元。