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1954年至1990年为中国药学会湖南分会，1990年10月由湖南省民政局核准登记为社团法人，更名为湖南省药学会。经过60多年的发展，湖南省药学会已由当时会员数十人，发展到现有个人会员8000余人，团体会员15个。
1987年，我国着名医院药学专家许树梧教授出任第八届理事长，此期间由于药学事业的快速发展，药学人员对学术研究及学术活动的要求日益强烈，为了适应此种要求，湖南省药学会先后成立了医院药学、药物分析、中药天然药物、制药工程、药理学 <ref>[https://www.sohu.com/a/476614354_120554602 药理学必背知识点] ，搜狐，2021-07-10 </ref> 、药事管理等六个专业委员会。
2002年，我国着名遗传药理学专家周宏灏院士出任第十一届理事长，2008～2016年，周宏灏院士连任第十二、十三届理事长。此期间，他带领学会建章立制、开拓工作、交流学术、培养人才，学会 <ref>[https://www.docin.com/p-2262027870.html 申请成立学会的条件及程序]，豆丁网，2019-09-30</ref> 工作逐步规范化。此期间举办了多种学术活动，特别是承办了在长沙召开的“2009年中国药学大会暨第九届中国药师周”，受到中国药学会好评。2011年在周院士倡导下成立了湖南省药学会药物基因组学专业委员会。2016年成立了药剂学专业委员会和药物化学专业委员会。
2016年，荣获“国之名医·卓越建树”荣誉称号的李焕德教授出任第十四届理事长，在本届全体理事的共同努力下，学会的各项工作都取得了创新发展，三次评为湖南省科协优秀基层党支部。2018、2019年在李焕德理事长的倡导下成立了基层药学、药物临床评价与研究、药房装备与信息技术、药学教育四个专业委员会。