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但因为数次争论，中途多次停止<ref>顺治十二年二月朱之锡上疏，奏请广泛征集与购求明季档案文献和史书，“因天启、崇祯年间事实散佚，参考无凭，遂致停搁”（《朱之锡传》）</ref>，[[杨椿 (清)|杨椿]]回忆：“《明史》之初修也，在顺治二年，时……仿《通鉴》体仅成数帙。”<ref>杨椿：《孟邻堂文钞》，清嘉庆二十三年（1818年）刻本。</ref>直至[[康熙]]十七年（1678年），随着[[三藩之乱]]的基本平定，政治稳定，经济富裕，才正式开始《明史》的纂修工作。康熙诏举博学鸿儒143人于[[体仁阁]]，取上等20人，二等30人，成立明史编纂小组，以[[徐元文]]为监修，叶方霭、张玉书为总撰，加上“布衣”[[万斯同]]、[[范锡同]]等纂修《明史》。鸿儒修史主要集中在康熙二十九年之前，开馆不久，[[潘耒]]即上呈《请广秘府书籍以光文治疏》，请求悉访民间记载、奏议。[[徐元文]]上呈《请购明史遗书疏》，请求“征遗献”。[[朱彝尊]]上呈《史馆上总裁第一书》，指出“盖作史者，必先定其例，发其凡，而后一代之事可无批缪”。[[黄宗羲]]、[[朱彝尊]]、[[毛奇龄]]、[[张烈]]、[[陆陇其]]等人建议放弃设置《道学传》，只立《儒林传》。 康熙二十二年左右，明史稿〈本纪〉和〈列传〉基本完成，[[汤斌]]撰《太祖本纪》，[[徐嘉炎]]撰《惠帝本纪》，朱彝尊撰《成祖本纪》，潘耒撰《食货志》，[[陆葇]]撰《选举志》，[[王源 (清朝)|王源]]撰《兵志》，[[姜辰英]]撰《刑法志》，[[尤侗]]撰《艺文志》等。康熙二十三年史馆拟定《明史》修纂的纲领性文件《修史条议》六十一条。康熙四十一年（1702年）四月八日，万斯同因长期劳累，在京师王鸿绪家中去世，是年二月冬[[熊赐履]]进呈《明史》稿416卷，但“上览之不悦，命交内阁细看”。

康熙四十八年（1709年）正月王鸿绪卷入党争，以原官解任回籍续修《明史》，“搜残补缺，荟萃其全”，<ref>王鸿绪：《进呈列传表》</ref>康熙五十二年，〈列传〉史稿的修订基本告竣，鸿绪又请宿儒[[李因笃]]协助审核，当时李因笃“老病在床褥，令二人捧稿，朗诵于枕侧。先生李因笃呼曰：‘改’。即加窜易涂抹，半载而毕功。”<ref>[[李富孙]]《鹤征录》卷一</ref>   康熙五十三年（1714年）王鸿绪命其子图炜赍呈明史列传稿205卷，交[[明史馆]]收藏，志、纪、表未具，次年，鸿绪奉旨回京，御纂《诗经传说汇纂》，充《省方盛典》承修总裁官；公务之馀，又取《明史》初稿之志、表和本纪，略作删改，“或笔削乎旧文，或补缀其未备，或就正于明季之老儒，或咨访于当代之博雅”，继续纂修全稿，改旧志《河渠》、《食货》、《艺文》、《地理》，又改《大臣表上》为《宰辅表》，《大臣表》中、下为《七卿表》，删去《功臣》、《戚臣》、《宦幸》表。雍正元年（1723年）六月十七日，王鸿绪进呈明史稿310卷，体例均备，七月十八日内阁将之交明史馆收藏。<ref>王氏《横云山人集·雍正元年进呈明史稿疏》称：“计自简任总裁，阅历四十二年。或笔削乎旧文，或补缀其未备，或就正于明季之老儒，或资访于当代之博雅。要以恪遵敕旨，务出至公，不敢无据而作。今合纪、志、表、传共三百零十卷，谨录呈御览。”</ref>   不久，王鸿绪将明史稿刻为己作，此即《横云山人明史稿》，不具万斯同之名。是年八月十五日，王鸿绪即卒于京邸。张廷玉认为：“王鸿绪之史稿，经名人三十载之用心，进在彤闱，颁来密阁，首尾略具，事实颇详”<ref>卷二，《恭进敕修〈明史〉表》</ref>。

康熙帝亲政后，政局尚未稳定，他曾说：“朕听政以来，以[[三藩]]及河务、[[漕运]]为三大事，夙夜廑念，曾书而悬之宫中柱上。”[[三藩之乱]]平定后，目标又转至河务与漕运，对于《明史》的修撰仍非首要迫切。《明史》初稿大部份成于[[万斯同]]之手，所有史官撰写的初稿都送他复审，均无一差错。<ref>全祖望《鲒蜻亭集》卷二八《万贞文先生传》：“时史局中征士，许以七品俸称翰林院纂修官。学士欲援其例以授之。先生请以布衣参史局，不署衔，不受俸。总裁许之。诸纂修官以稿至，皆送先生覆审。先生阅毕，谓侍者日：'取某书某卷某叶，有某事当补人；取某书某卷某叶，某事当[[校对|参校]]。'侍者如言而至，无爽者。”</ref>万斯同为《明史》可谓耗尽了毕生的精力，晚年双眼已盲，在[[钱名世]]协助下，弹精竭虑地修改史稿，<ref>[[阮葵生]]：《茶馀客话》卷九：“初修明史之时，徐东海延万季野至京师主其事。时万老矣，两目尽废，而胸中罗全史，信口衍说，贯串成章。时钱亮工尚未达，亦东海门下士，才思敏捷，授而籍之。钱昼则徵逐友朋，夕则晋接津要，夜半始归静室中。季野踞高足床上坐，钱就坑几前执笔，随问随答，如瓶泻水。钱据纸疾书，笔不停缀，十行并下。而其间受託请移衮钺，乘机损益点窜，诸史官之传纪，略无罅漏。”</ref>   有时因考证一事，往往“集书盈尺者四五或八九不止。”，<ref>《孟邻堂集〉卷二《再上明鑑纲目馆总裁书》</ref>诚所谓“修故国之史以报故国，愿成一代之史以报先朝”。[[钱大昕]]说：“乾隆初，大学士张公廷玉等奉诏刊定《明史》，以王公鸿绪《史稿》为本而增损之，王氏稿大半出先生（万斯同）手。”<ref>钱大昕：《潜研堂文集·万斯同传》</ref>

[[汤斌]]于康熙二十一年（1682年）充任《明史》总裁，编有《天文志》、《五行志》和《曆志》。《明史·食货志》共六卷，由[[潘耒]]据[[王原]]《明食货志》撰成，“将明代《实录》通纂一过，凡片言只字，有关食货者，悉行节出，琐细庞杂，不厌其详”，后来潘耒因事被黜，再由王鸿绪加以删削。   《艺文志》四卷由[[黄虞稷]]撰写，依经、史、子、集排述。《地理志》有七卷，是篇幅最大者，详述两京十三省的沿革。《河渠志》共六卷，[[黄河]]占两卷，介绍全国水文治理和水利利用状况。《兵志》介绍明代军事制度，共四卷。第三卷「边防、海防、民壮、土兵」，介绍明朝九边。   《刑法志》共三卷，出自[[姜辰英]]之手，介绍明代法律。第三卷介绍[[廷杖]]和[[锦衣卫]]诏狱。

〈列传〉共二百二十卷，占全书三分之二，可略分为「类传」和「专传」两大类。有重複事蹟者，则举一人立传，他人在后各附一小传，如《孙承宗传》中记[[柳河之役]]，只注「语在马世龙传中」；《刘岜传》弹核[[刘瑾]]，后附十余人小传。类传包括《后妃》、《诸王》、《公主》、《循吏》、《儒林》、《文苑》、《忠义》、《孝义》、《隐逸》、《方伎》、《外戚》、《列女》、《宦官》、《阉党》、《佞幸》、《奸臣》、《流贼》、《土司》、《外国》、《西域》等，〈列女传〉共三卷，记载二百八十七位忠孝、节烈妇女，大量取自[[王鸿绪]]编纂的《横云山人明史列传稿》。   由于《明史》一再强调纲常名教，因此在〈忠义传〉、〈孝义传〉、〈列女传〉等目罗列近二千人。   列传中专列〈阉党传〉、〈流贼传〉和〈土司传〉三目为明朝一代专有议题，《阉党传》列四十六人，属于[[刘瑾]]党者有七人，其馀皆[[魏忠贤]]党。〈流贼传〉称李自成、张献忠等为流贼，为统治者总结经验：“自唐赛儿以下，本末易竟，事具剿贼诸臣传中。独志其亡天下者，立《李自成、张献忠传》。”“至于亡明，剿抚之失，足为炯鉴。”。[[陆以湉]]在其《冷庐杂识》称：“阉党、佞幸、奸臣列于宦官之后流贼之前，其嫉之也深，而贬之也至矣。”

《[[剑桥中国史]]》评价道：「在二十四史中，《明史》被列为编纂得最 仔细因而也是最可靠的史书之一。正史编纂者可以得到的许多资料如今已不复存在。另一方面也很明显，正史对明朝历史所作的解释，是根据清朝政府官方的新儒学正统观念。在这方面某种偏见是可以预料的。凡是涉及晚明时期明帝国与满洲和蒙古的关系的题目，其论述必然是偏颇的。   不过，作为一种资料，这部官修史书最严重的不利在于，在很大程度上代替它的明代原始资料儘管有所遗失，许多仍然存在。就此而论，值得在这裡指出，清代文字狱中禁止的大多数作品一直被保存下来，而大多数遗失的作品不在被禁之列。这可能是直到今天在许多国家看到的现象的又一种说明。一本被列入禁书名单的书，被认为有特殊价值，从而被小心地保存下来。禁令实际上是最有效的广告形式。」<ref>[英]崔瑞德＆[美]牟复礼《1368-1644年剑桥中国明代史（上卷），中国社会科学出版社，1992年</ref>

至于《明史》所不及见者，可参考《[[明实录]]》、[[夏燮]]《[[明通鑑]]》、[[谷应泰]]《[[明史纪事本末]]》、[[谈迁]]《[[国榷]]》、[[陈子龙]]《[[明经世文编]]》、[[张岱 (明)|张岱]]《[[石匮书]]》及《石匮书后集》、[[计六奇]]《[[明季北略]]》、《[[明季南略]]》、[[温睿临]]《[[南疆逸史]]》、[[徐鼒]]《[[小腆纪年]]》、《小腆纪年附考》、《小腆纪传》、[[查继佐]]《[[罪惟录]]》、[[刘湘客]]《[[行在阳秋]]》、[[蒋臣]]《[[桐变日录]]》、[[瞿昌文]]《[[粤行纪事]]》、[[全祖望]]《[[鲒埼亭集]]》等。   又如[[焦竑]]的《[[国朝献徵录]]》，受到万斯同的高度评价：“搜采最广，自大臣以至郡邑吏，莫不有传。……可备国史之采择者，惟此而已。”<ref>万斯同《石园文集》卷七《与范笔山书》</ref>乾隆年间，以[[于敏中]]、[[钱汝为]]等主编《[[明史考证]]》，多据《国朝献徵录》参校《明史》，但未刊行。光绪年间，[[王颂蔚]]得见《明史考证》残本，再整理成《明史考证攟逸》四十二卷。

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