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候建国
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1、对非晶半导体/金属膜中的晶化进行了分形研究。对各种条件下分形晶化的机制进行了系统的实验及计算机模拟研究，在大量实验观察的基础上提出了一种新的分形晶化自组织生长模型，这些工作是该领域早期重要研究工作之一，为理解复杂的分形晶化现象作出了重要贡献，获得中国科学院1997年自然科学一等奖。
2、发展了一种实验与理论相结合确定固体表面分子吸附取向的方法。他与合作者通过高分辨扫描隧道显微镜图像及其谱学方法并结合理论模拟，确定了C60单分子在Si表面的吸附取向。该项工作发表在国际物理学权威杂志《物理学评论快报》（Physical Review Letters）杂志上。美国物理学会在其物理新闻图片网上发布了题为“Buckyball Orientation”（足球烯分子取向）的新闻介绍这项研究成果，并被科技部评为1999年中国十大基础研究进展新闻。
3、分子内部结构的直接观测：首次获得具有化学键分辨的单分子图象，并发现二维单分子阵列的新的取向畴结构。他与合作者利用分子自组装技术，有效隔绝了衬底与C60之间的相互作用，在国际上首次获得具有化学键分辨率的C60单分子扫描隧道显微镜图象。该工作发表在英国《自然》（Nature）杂志上，被《自然》杂志审稿人评价为“构思巧妙，实验严谨的研究工作”，并被两院院士评为2001年中国十大科技进展。
4、通过单分子选键化学实现单分子自旋态的控制。他利用扫描隧道显微镜探针对PcCu进行“分子手术”，呈现出近藤（Kondo）效应。该工作发表美国《科学（Science）》杂志上，在这一工作在国际上首次通过对单个分子的原位选键化学操纵实现了对分子电子态和自旋态的调控，对于单分子操纵和分子尺度上量子态调控具有重要的意义。这项研究成果还被两院院士评为2005年度中国十大科技进展 。
学术论著
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截至2016年7月，侯建国在Nature、Science、J. Am. Chem. Soc.、Phys. Rev. Lett.等杂志发表学术论文200余篇 。