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有孔虫都是单细胞的，它们身体柔软，平时将身体藏在壳里，只伸出丝状的假足，用来捕捉细菌和单细胞藻类。有孔虫的族群数量之丰富，令人大开眼界。它们的繁殖能力很强，既可以有性繁殖也可以无性繁殖。但大多数种类的有孔虫都会进行有性生殖，生殖时间约为二到三天。小的种类，有性生殖和无性生殖同时进行，时间较长，需要一到两个月完成一次生殖周期。但是，不论是有性生殖还是无性生殖，最终是以母体的死亡而终结。一个母体在一个繁殖周期内，可以产出上千个子体。因而，深海探测者们分析，有孔虫应该是除了细菌之外，海洋中数量第二多的生物。

有孔虫还会产生外壳，它们会分泌碳酸钙或者硅酸盐，将身体包裹起来，形成外壳。有孔虫经常会群体聚集在一起，当大量的有孔虫聚集在一起的时候，它们分泌的硬质外壳聚在一起，就形成了碳酸钙岩石。有孔虫死去之后，就会在这些岩石中遗留下大量的孔洞，这也是为什么叫它们叫有孔虫的原因。也不是所有的有孔虫都能分泌硬质外壳，在深海里，随着海水深度的增加，可供有孔虫制造外壳的钙质越来越少。所以在海底的最深处，人们发现的大多数都是只有一层软壳的有孔虫。这些有孔虫死后，沉降到海底，它们是是海底泥土的重要来源。

有孔虫绝大多数都是海生动物，它们对海水的盐度要求非常高，只有海洋这种盐度较高的地方才符合有孔虫的生存要求。当然，在一些盐度较高的内陆咸水湖，或者入海口等地也会发现有孔虫的身影。这和有孔虫的身体结构有关，有孔虫的细胞质盐度非常高，只有在盐度较高的水中，有孔虫才能维持体液平衡。在淡水中，有孔虫的身体会因为吸水过度发生膨胀，并致其死亡。

有孔虫是所有海洋生物中抗压能力最强的，它们可以抵御比自身细胞质压力强两千多倍的水压。在世界最深的马里亚纳海沟，这里的深度比珠穆朗玛峰还深，其压力是海平面的一万多倍。没有任何的大型动物能够承受如此强大的压力，所以这里非常地荒凉。然而，在进行深海探测时，人们惊奇地发现，这里生活着大量的软壳有孔虫。在马里亚纳海沟最深的挑战者深渊，这里是地球上最深的地方，人们发现，这里几乎到处都可以找到有孔虫的身影。有孔虫生命力之顽强，也是它们为什么能够在地球上生存了五亿年的时光却不灭绝的重要原因。

有孔虫对环境的反应特别敏感，温度、海水深度、海水的盐度都会影响有孔虫的分布。一般来说，温度越高，海水盐度越大，有孔虫的生命力越旺盛，海水深度越深，有孔虫的生命力越不活跃。这一点可以从有孔虫的虫壳硬度得到印证，温度高盐度大的海域，往往能找到大量的硬壳有孔虫，而在海水深度最深的地方，盐度和温度都较低的地方，往往生活着大量的软壳有孔虫。