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巴彦嵯岗苏木属温带大陆性气候，其特点是冬季漫长严寒，夏季温和、降水集中，春季干燥风大，秋季气温骤降、霜冻来的早。多年平均气温-1.9℃，1月平均气温-31℃，极端最低气温-48.5℃，七月平均气温25.3℃，极端最高气温39℃。最低月均气温-32℃，最高月均气温29℃。平均气温年较差46.4℃，最大日较差26.7℃。生长期年平均105天，无霜期年平均95天，最长达105天，最短为90天。年平均日照时数2810.5小时。0℃以上持续期190天。年平均降水量347.6毫米，无霜期年平均120天。

巴彦嵯岗苏木境内河道属额尔古纳河流域，主要河流有莫和尔图河、莫克勒河、北亚格河、东亚拉河等。