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1928年6月2日生于安徽合肥。先后曾就读国立武汉大学法律系、国立同济大学新生院与国立上海医学院（后更名为上海第一医学院），1957年考取中国科学院古脊椎动物与古人类研究所副博士研究生，跟隨[[吴汝康]]教授学习人类古生物学 ；1984 。曾领导并参加发现郧西和淅川的直立人、丁村等处智人化石和古人类进化材料；对大荔、淅川、阿拉戈、柯布尔等地人类化石进行专门研究综合研究我国古人类的发展规律<ref>{{Cite web |url = http://www.casjd.com/yuanshifencai/2052.html | title =吴新智| date = 2018-07-03 | publisher =深圳中国科学院院士活动基地}}</ref>。1976年，在中国科学院古脊椎动物与古人类研究所举办的纪念[[恩格斯]]《劳动在从猿到人转变过程中的作用》写作100周年纪念讨论会上，吴新智与[[张银运]]发表了《中国古人类研究报告》，認為在直立人与智人阶段有共同特征，说明古人类进化是连续的，也不排除与邻接地区进行遗传物质交流的可能性，在1978年正式发表论文<ref name="古人類">{{cite news| url= http://www.uua.cn/show-12-7302-1.html | title = 古人类学家吴新智院士：以澄净的心灵与远古对话 | publisher = 化石網| date = 2016-02-15 }}</ref>。 1983 年 ，吴新智受美国科学基金会的资助， 与美国M.H. Wolpoff、澳大利亚AG Thorne 合作，在1984年 共同提出现代人起源“多地区进化”假说，主张现代人分别起源于中国、非洲等四个地区，1998年又提出中国古人类“连续进化，附带杂交”的学说<ref name="古人類"/>。1986年起历任中国解剖学会常务理事、人类学专业委员会副主任、主任、副理事长、名誉理事长；1991年获中国科学院自然科学奖一等奖；1999年当选中国科学院院士；2008年被中国科学院研究生院评为杰出贡献教师<ref>{{cite news| url = http://www.uuabeijing.gov.cn/showrenwen/zt/zkd/ksz/t1557561.htm| title = 吴新智：我与周口店遗址 | publisher = 北京市人民政府| date =2018-08-22 }}</ref>。 2019年他參與中關村街道「院士講堂」系列活動，為中小學生開講<ref>{{cite news| url =https://tw.news.yahoo.com/91%E6%AD%B2%E9%99%A2%E5%A3%AB%E7%88%BA%E7%88%BA%E7%B5%A6%E5%B0%8F%E5%AD%B8%E7%94%9F%E4%B8%8A%E8%AA%B2-12215007876-7302-1finance.html | title = 古人类学家吴新智 91歲 院士 ：以澄净的心灵与远古对话 爺爺給小學生上課 | publisher = 化石網中時電子報| date = 20162019-0204-15 08 }}</ref>。