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楊嘉仁的學生眾多，在他不完全的三百多名鋼琴學生名冊中，包括享譽海內外的第一批中國的鋼琴家傅聰（「第五屆蕭邦國際鋼琴比賽」第三名和「馬祖卡」最優獎獲得者）、顧聖嬰（第六屆世界青年聯歡節的鋼琴比賽金質獎章和第十四屆日內瓦國際音樂比賽女子鋼琴比賽最高獎獲得者）、周廣仁（中央音樂學院鋼琴系主任、1951年、1956年兩次前東德國際鋼琴比賽獲獎者）等。在他主持上海音樂學院指揮系的十年間，培養出一批中國音樂界棟樑，其中獲得國家一級指揮藝術家、教授職稱、任職專業樂團藝術總監的就有蕭炎、賴廣益、石中光、卞祖善、樊承武、程壽昌、肖白、楊秀娟、張眉、夏飛雲、徐錫宜、陳燮陽、江浦琦、侯潤宇、王永吉、周仲康、桑葉松、韓春牧等幾十名；而具有國際影響的下一代再傳弟子則遍及世界各地。

他听觉敏锐，排练风格细致而又风趣，对作品有独特的理解和丰富的指挥经验，常被中央乐团、上海交响乐团等邀请为指挥。1956年任上海音乐学院指挥系主任，指挥家[[樊承武]]、[[卞祖善]]、[[陈燮阳]]、[[夏飞云]]、钢琴家[[顾圣婴]]等曾受教于他。<ref> {{cite web | url =http://mjlsh.usc.cuhk.edu.hk/Book.aspx?cid=4&tid=3161 | title =曾有一对璀璨的乐海双星 在那荒唐的年代陨落了 －－作者：杨大纶 | accessdate =2019-03-04}}</ref>

1941年他與相戀六年的程卓如〔上海音樂學院少年班和附中的主要創建人、第一任校長，還曾兼任上海音樂學院基本樂課教研組長、師範科主任、工農班主任，是中國傑出的音樂教育家〕結婚，婚後育有一子一女，兩人為中國培養了一大批音樂菁英。

1966年6月「文化大革命」開始了史無前例的十年動亂時期，全國上下都陷入災難的深淵，上海音樂學院是其中的重災區，楊嘉仁和程卓如則為最早被扣上莫須有的「反動學術權威」罪名、遭受殘酷迫害的教授中的二位，他們受盡了虐待、摧殘和折磨。1966年9月5日深夜，再次遭受到「上音附中紅衛兵」殘忍的毒打和侮辱，在向「上音」領導求救無果之後，回到上海培文公寓81號的寓所，悲憤地打開了廚房的煤氣。為中國音樂事業嘔心瀝血、碩果纍纍、極富才華的樂海璀璨雙星就此不幸隕落。當時楊嘉仁53歲，程卓如48歲。