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曾就读于[[国立北京大学]]化学系，对日抗战爆发，毅然投笔从戎，进入中央军官学校十五期接受训练，毕业于陆军大学二十二期、三军大学将官班及美国海军陆战队指挥参谋学校。

1945年5月参与[[豫西]]西峡口之役，在[[迷信寨]]前方[[大横岭]]，重创日军，因功由副营长直升营长。1947年国共内战期间突袭榆林，在上盐湾全歼共军王聚财部。国民党来台之后，孔令晟曾出任台湾海军陆战队参谋处长、旅参谋长，累升至师长1968年担任中华民国总统府副侍卫长与侍卫长，驻高棉代表。1975年任中华民国海军陆战队司令，翌年调任中华民国行政院内政部警政署署长。1982年出使马来西亚。1985年获聘为淡江大学战研所教授迄今。2014年9月13日逝世于台北。