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1974年，執導個人第一部電影《監獄風雲錄》，從而開啟了他的導演生涯。1980年，執導喜劇片《梅爾文與霍華德》，該片獲得第37屆威尼斯電影節金獅獎提名。在他過去的作品中，令人印象最深刻的就是1991年由[[安東尼霍普金斯]]（[[Anthony Hopkins]]）主演的《[[沈默的羔羊]]》（[[The Silence of the Lambs]]），此片讓強納森拿下了[[奧斯卡]]最佳導演獎、[[柏林影展]]銀熊獎等諸多獎。1993年，執導並監製傳記片《[[費城故事]]》，由[[湯姆漢克]]（[[Tom Hanks]]）主演，該片獲得第44屆柏林國際電影節金熊獎提名。近期則轉往電視電影、影集、紀錄片等不同形式發展，但他優秀的導演技法也深深影響了許多電影創作者。

網友 Jacob T. Swinney 製作了一支短片，匯集了強納森過去電影作品中的特寫鏡頭，從《沈默的羔羊》、《魅影情真》（Beloved）到《戰略迷魂》（The Manchurian Candidate），總共使用了七部強納森的電影，但我們感受強納森在特寫鏡頭語言的使用上的巧思，而這些特寫也都呈現出相當不同的情緒與氣氛，不論是固定或是跟著角色移動，甚至是從特寫推進到超特寫鏡頭，都可以看出強納森對於特寫鏡頭設計的才華。