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對長期以來支配傷寒學的[[王叔和]]《傷寒例》作了批評。他認為王叔和的序例存在以下三方面的錯誤。第一，王叔和混淆了傷寒和熱病的關係。“不以熱病隸之傷寒有五之綱，反以傷寒隸之熱病之目”，實是概念含混。第二，王叔和混淆了熱論六經與傷寒六經的區別。他說：“《素問》之六經，是一病共具之六經；仲景之六經，是異病分佈之六經。《素問》之六經，是因熱病而原及六經；仲景之六經，是設六經以該盡眾病”。第三，王叔和不識仲景心法，將《傷寒論》誤作時病書。“因論有'傷寒'字，誤認仲景為冬月一季而設，遂從'冬'字上鋪演出春、夏、秋，從'寒'字上鋪演出溫、清、暑來。不知仲景論中寒熱溫涼俱備，特根腳總在人體躬表裡府藏上，經理出病之寒與熱，豈同望杏瞻蒲，作一部醫門月令書者？”程應對叔和序例的批判，再一次強調了《傷寒論》辨證論治的科學價值，澄清了宋以來對《傷寒論》的模糊認識，為擴大《傷寒論》理法的應用範圍作了理論上的準備。

==生平著作==