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養殖漁業分為淺海養殖、海面箱網養殖、淡水魚塭養殖、鹹水魚塭養殖、觀賞魚及其他內陸養殖等六類；從養殖漁業的產值來看，臺灣前五大水產養殖縣市除了雲林縣之外，還有臺南市、嘉義縣、屏東縣與高雄市，雲林縣之漁業主要是以內陸養殖為主，而雲林縣海線（麥寮、台西、四湖、口湖）為養殖漁業區，主要盛產 [[ 文蛤 ]] 、 [[ 牡蠣 ]] 、 [[ 鰻魚 ]] 等；在雲林縣斗南鎮地區的養殖漁業有 [[ 土虱 ]] 養殖場以及 [[ 臺灣鯛 ]] （吳郭魚）養殖場。